盡管黃豆被大量作為保健食品推廣。然而，大豆包含自然產生的毒素或抗營養素。例如，大豆具有高水平的植酸，它可以減少以吸收人體必需的礦物質鈣、鎂、銅鐵、鋅的能力。大豆還含有胰蛋白酶抑制劑，會損害人體的消化蛋白質的能力，并導致胰腺疾病和生長發育遲緩。

　　大豆發酵時，這些毒素會被瓦解。但是，豆腐、毛豆、綠豆等豆類一般不發酵。所以這些東西只能是小份地吃。也許令人驚訝的是，大豆的傳統形式，如制作成醬油，很可能要遠遠高于大豆原本的健康價值，因為醬油經歷了一個長期的發酵過程，將毒素都去除了。

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