消毒處理劑量包括強度和時間。強度泛指作用因子的量，在熱力消毒中是指溫度，在紫外消毒中指紫外線的輻照強度，在化學消毒中是指消毒劑的有效濃度。時間是指所使用的處理方法對被處理物品作用的時間。

一般強度越高微生物越易殺滅，但醇類則例外，70%～75%乙醇或50%～80%異丙醇的效果最好，提高濃度殺菌力反而低。時間越長微生物被殺滅的機率也越大。消毒處理的劑量是殺滅微生物的基本條件。在實際消毒工作中，必須明確并充分保證所需的強度與時間，否則難以達到預期效果。

不同種類的微生物對消毒劑的敏感性不同，如苯扎溴銨、氯己定對革蘭陽性菌的殺滅作用要大于陰性細菌，對芽胞只有抑制作用。70%的乙醇可殺死細菌繁殖體，但不能殺滅細菌芽胞。老齡菌比幼齡菌抵抗力強。因此必須根據消毒對象選擇合適的消毒劑。

物品上微生物污染程度越高，消毒就越困難，因為微生物的數量多，彼此重疊加強了機械保護作用；微生物的數量多，抵抗力強的個體也隨之增多。因此，消毒污染嚴重的物品，需提高能量（或藥物濃度），或延長作用時間方能達到消毒合格要求。

熱力消毒完全依靠高溫的作用殺滅微生物，溫度對其影響不言而喻。其他消毒方法也受溫度的影響，無論物理或化學消毒方法，一般溫度越高消毒效果越好。如含氯消毒劑溫度每提高10℃，殺芽胞時間可減半。5%的甲醛溶液，20℃殺滅炭疽桿菌芽胞需要32h，但37℃僅需要1.5h。不同的消毒劑受溫度影響的程度也不同，如過氧乙酸受溫度變化的影響較小，3%的過氧乙酸在-30℃的條件下作用1h仍可達到滅菌，乙醇稀釋過氧乙酸可防凍，適于0℃以下消毒。但也有少數例外，如臭氧水消毒，低溫有利于臭氧溶于水，從而增強其殺菌效果。過氧化物穩定性差，碘在40℃時可升華，故采用過氧化物消毒劑和碘消毒劑消毒時不宜加熱。

空氣的相對濕度（RH%）對氣體消毒劑影響顯著。使用環氧乙烷或甲醛消毒都有一個最適RH%，過高過低都會影響殺滅效果。環氧乙烷消毒一般以RH 80%為宜，甲醛氣體消毒以RH 80%～90%為宜。臭氧氣體消毒物品表面，相對濕度≥70%，才能達到消毒效果。

RH%對空氣消毒的影響也顯著。過氧乙酸噴霧消毒，空氣RH%在20%～80%時，濕度越大，殺菌效果越好。當相對濕度低于20%時，則殺菌作用較差。臭氧空氣消毒，相對濕度≥60%，才能達到消毒效果。

酸堿度的變化可嚴重影響某些消毒劑的殺菌作用。一方面酸堿度影響消毒劑有效成分的釋放，另一方面酸堿度的變化也影響微生物的生命活動。如戊二醛在堿性條件下可使殺菌能力提高，但易聚合失效，酸性溶液較穩定，但殺菌力下降。而含氯消毒劑類在堿性條件下穩定，殺菌最適pH為6～8，pH＜4時易分解。氯己定溶液pH在5.5～8.0時具殺菌活性，偏堿更好，但不宜超過pH8.0。季銨鹽類最適殺菌pH為9～10，不宜低于7。而酸堿度對甲醛殺菌作用影響不大。

某些消毒劑能與一些特定的化合物反應，消耗消毒劑從而使其消毒效果下降；另一些化學物則可能對微生物起到保護作用，從而導致消毒效果下降。這些能使消毒效果下降的物質稱為化學拮抗物質。例如，蛋白質、油脂類有機物包圍在微生物外面可阻礙消毒因子的穿透，并消耗一部分消毒劑，可使殺菌效果下降。因此，應將污染物品清洗后進行消毒，或提高濃度，或延長作用時間。受有機物影響較大的消毒劑有含氯消毒劑類、季銨鹽類、氯己定、醇類等。此外，錳、亞硝酸鹽、鐵、硫化物可減弱含氯消毒劑的殺菌作用；棉紗布或合成纖維可吸附季銨鹽類減弱殺菌作用；陰離子表面活性劑，以及鈣、鎂、鐵、鋁等離子亦可減弱季銨鹽類的活性；含氯消毒劑、含碘消毒劑、過氧化物類消毒劑易被還原劑中和。在實際應用中，需注意避免拮抗物質對消毒劑的作用，才能更好保證消毒與滅菌的效果。

消毒因子必須穿透物品，接觸到微生物才能發揮殺滅作用。不同因子的穿透能力不同。穿透能力強的物理因子有電離輻射、微波和濕熱；紫外線穿透能力弱；濕熱穿透能力比干熱強，但飽和蒸汽不能穿透油性液體和固體，油性液體和固體只能干熱法滅菌。穿透能力強的化學因子有環氧乙烷和戊二醛，甲醛氣體穿透能力差。消毒時除要保證有足夠的穿透時間外，還需為消毒作用的穿透創造條件。例如，熱力消毒時，物品不宜包扎太大、太緊；甲醛熏蒸時，消毒對象要充分暴露，不能堆放；消毒糞便、痰液時，應將消毒劑與之攪拌均勻等等。