假單胞菌屬：革蘭氏陰性、極生鞭毛、可運動、不生芽孢、桿狀，新鮮食品中的優勢菌，常存在于土壤和水中，廣泛分布在食品中。另外，許多菌株是嗜冷，是導致新鮮冷凍食品腐敗的重要細菌。有時腐敗能產生水溶性藍綠色素。

 

產堿桿菌屬：革蘭氏陰性棒狀桿菌，但菌體著色時有時也顯現革蘭氏陽性反應，周身鞭毛，無芽孢，嚴格好氣，化能有機營養型，大多營養簡單。不能發酵糖類，但能產堿（特別是在石芯乳中）。不產色素，分布在各種腐爛物質中，并大量存在于原乳、食用家禽制品以及排泄物中。

 

沙雷氏菌屬 ：革蘭氏陰性、桿狀、好氧，能分解蛋白質，有時能產生紅色素，而不產色素的菌株則比較少見。液化沙雷氏菌是與食物中毒相關的最常見的菌株，能夠引起冷凍蔬菜以及肉類制品的腐敗。

 

弧菌屬：革蘭氏陰性，直形或彎曲形桿菌，極生鞭毛，兼厭氣性，通常需要一定濃度的鹽，可污染咸魚咸肉，有幾株菌株能夠引起人體腸胃疾病或其他疾病。

志賀氏菌屬 :   桿狀、不運動、無芽孢、無莢膜、革蘭氏陰性，不能利用檸檬酸鹽，能產酸但不產氣。該屬所有菌株都可存在于人體腸道中。 

 

氣單胞菌屬：典型的水生革蘭氏陰性棒狀桿菌，極生鞭毛，兼厭氣性。能發酵糖類產生大量氣體。通常出現在魚體中。

 

彎曲桿菌屬：革蘭氏陰性，彎曲成螺旋桿狀，曾歸入弧菌屬，厭氧或微好氧 。

梭狀芽孢桿菌屬：桿狀，革蘭氏陽性，形成的卵圓形芽孢使母細胞膨脹成梭狀，厭氣性。能分解糖產生多種有機酸、并產氣，有的能產生毒素。該屬包括許多菌株，有些會引起人體疾病。中溫型，嗜冷型，嗜熱型菌株都存在。

 

類芽孢桿菌屬：這個新建立的屬主要包括以前屬于芽孢桿菌屬以及梭狀芽孢桿菌的菌株。

 

莫拉氏菌屬：革蘭氏陰性短桿菌。它們的新陳代謝是氧化性的，同時葡萄糖發酵過程中不產酸。

 

索絲菌屬：革蘭氏陽性、桿狀，不產芽孢。對數期的細胞為棒桿狀，而衰老后則為球狀。通常存在于肉類以及冷藏溫度下保存的肉類制品中。

 

檸檬酸桿菌屬：革蘭氏陰性、桿狀、周生鞭毛，無芽孢，兼厭氣性，能產酸、產氣。所有菌株都能利用檸檬酸鹽為惟一碳源生長，能存在于腸道中進行緩慢的乳糖發酵，有的種能引起食品腐敗和人的腸胃炎。

 

肉桿菌屬：革蘭氏陽性、桿狀，過氧化氫酶陰性。異型發酵，絕大多數能在0~45 。C生長。有些種能發酵葡萄糖產生氣體。它們與乳酸桿菌的區別在于不能在醋酸鹽培養基上生長，在代謝過程中能夠合成油酸。通常存在于真空包裝的肉制品或相關制品中。

 

棒桿菌屬：棒桿狀，革蘭氏陽性，與部分蔬菜以及肉類制 品的腐敗有關。是重要的嗜冷菌，但大多數菌株都是中溫型。其中白喉棒桿菌能夠引起人體白喉病。

黃桿菌屬：革蘭氏陰性、桿狀，在瓊脂平板上或植物中能生成黃、紅色素，極生鞭毛，可運動，好氣或兼性厭氣。有些菌株為中溫型，有些是嗜冷型，與冷藏肉制品以及冷凍蔬菜的腐敗有關。

 

交替單胞菌屬：革蘭氏陰性、桿狀，能運動，嚴格好氧。大量存在于海洋或沿海水域中、以及海洋食品中。生長需要海水中較高濃度的鹽。

 

哈夫尼菌屬：革蘭氏陰性、桿狀，常存在于腸道中，可引起冷凍肉制品及蔬菜制品的腐敗。其 DNA 中（G+C）的摩爾分數為48%～49%。

 

考克氏菌屬：從微球菌屬拆分出來的新屬。DNA 中（G+C）的摩爾分數為66%～75%。

 

明串珠菌屬：革蘭氏陽性、不形成芽孢、球狀、排列成對或成鏈狀，兼厭氣性。經常與乳酸球菌同時出現，是乳酸細菌的另一個屬。過氧化氫酶陰性，異型乳酸發酵。

 

變形菌屬：革蘭氏陰性、桿狀，常表現出多種形態，無芽孢，周生鞭毛，運動性強，兼厭氣性，能產酸，通常存在于人體或動物的腸道內。有較強的蛋白質分解能力，是食品的腐敗菌，可引起食品中毒。

 

腸球菌屬：菌體呈卵圓形，單個、成對或短鏈狀。該屬至少有三個種不與D型抗血清發生反應。

 

腸桿菌屬：革蘭氏陰性，桿狀，周生鞭毛，無芽孢。可引起食品腐敗，它們是典型的人體生長所需要的腸道菌。

 

沙門氏菌屬：革蘭氏陰性，周生鞭毛、無芽孢，能以檸檬酸鹽為唯一碳源，多數能產氣，該屬的所有菌株都能存在于人體的腸胃中。

 

希瓦氏菌屬：革蘭氏陰性，直桿狀或彎曲桿狀，不產色素，端生鞭毛。氧化酶陽性, DNA 中（G+C）的摩爾分數為44%～47%。常存在于海洋食品中。

 

歐文氏菌屬：革蘭氏陰性，桿狀，無芽孢，周生鞭毛，常存在于腸道，它能引起植物性食品的組織軟化和腐敗，但不產酒精。

 

埃希氏菌屬：革蘭氏陰性，桿狀，通常單個出現，周生鞭毛，可運動或不運動，好氧或兼性厭氧。能夠引起由食物傳染的腸胃炎。

 

微球菌屬：革蘭氏陽性，嚴格好氣，無芽孢，過氧化氫酶陽性，球狀。有些菌株能產粉紅色、橘紅色或紅色色素，其它菌株則不產色素。大多數菌株都能耐高濃度的鹽，絕大多數菌株為半自養型微生物，嗜冷。在奶制品、動物食品上存在較多，能引起食品腐敗。

 

泛菌屬：革蘭氏陰性、無莢膜、無孢子，直桿狀，大部分的菌株能夠依靠周身的鞭毛運動。廣泛分布在植物、種子、土壤、水及人體標本中。有些為植物病原體。

 

乳球菌屬：革蘭氏陽性，非運動型，過氧化氫酶陰性，球形 或卵形，單個、成對或鏈狀，能在10 。C 下生長，但不能在45 。C 下生長。所有的菌株發生N型抗血清反應，并在發酵過程中主要產生L-乳酸。

 

片球菌屬：球狀，成對或四個相疊，不形成芽孢，兼厭氣性或微好氣性。同型乳酸發酵，產生右旋乳酸。DNA 中（G+C）的摩爾分數為34%～44%。常引起啤酒的腐敗。

 

嗜冷桿菌屬：球狀，常成對，不運動、過氧化氫酶以及氧化酶陽性，好氧，不能發酵葡萄糖。但能在6.5%NaCl溶液和1 。C下生長，不能在35~37 。C下 生長。對青霉素敏感。

 

葡萄球菌屬： 球形，排列呈葡萄狀，革蘭氏陽性，過氧化氫酶陽性，金黃色葡萄球菌是其中一個重要種，能夠引起幾種疾病，包括腸胃食物中毒等。

 

漫游球菌屬：周身鞭毛，革蘭氏陽性，過氧化氫酶陰性，能在10 ℃下生長，但不能在45 ℃下生長；能在4.5%NaCl溶液中生長，但不能在6%NaCl溶液中生長；不能在pH9.6下生長。通常存在于魚類、糞便、水或食物中.

 

食品中常見的霉菌屬概要（Synopsis of common genera of foodborne molds）：

曲霉屬   Aspergillus   毛霉屬   Mucor    青霉屬   Penicillium 

根霉屬   Rhizopus   木霉屬   Trichothecium   地霉屬   Geotrichum

鐮刀孢霉屬   Fusarium

曲霉屬：形成分生孢子，常呈鏈狀，表現出由黃到綠甚至到黑等不同顏色。通常存在于農村的火腿或熏肉中。其中有些菌株能引起油類的腐敗。米曲霉和醬油曲霉能形成醬油發酵過程中的生產菌。其中有些菌株可產黃曲霉毒素，或赭曲霉素，或柄曲霉素。

 

毛霉屬：菌絲體沒有隔膜，所有菌株都沒有假根或匍匐枝，菌落呈棉花狀。主要存在于發酵食品、熏肉和許多蔬菜中。

 

青霉屬：在食品上的特征顏色是藍色或藍綠色。有些菌株能產生真菌毒素。

 

根霉屬：沒有隔膜的菌絲體直立于匍匐枝或假根上。包囊梗由菌群中假根的生長點的匍匐枝末端產生。能引起蘋果、梨、等的輕微腐敗，并使這些水果變成液狀。

 

枝霉屬：在枝狀結構的高處產小型孢子囊。

 

木霉屬：菌絲體有隔膜，具有瘦長簡單的分生孢子。玫瑰木霉是該屬中唯一于食品有關的菌株。

 

交鏈孢屬：菌絲體有隔膜，產棕色分生孢子。分生孢子具有十字形或縱向隔膜，形狀多樣。能夠導致蘋果、無華果等水果褐變，甚至腐爛。同時，這些菌株也能引起莖桿腐爛與柑橘類植物的腐爛。有些菌株能夠產真菌毒素。

 

短柄霉屬：菌株生長前期出現類酵母菌菌落，然后向四方擴展產生黑色斑點。它們與長期儲存的牛肉形成的黑色斑點有關，通常存在于小蝦、水果以及蔬菜中。

 

叢梗孢屬：產生粉紅色、灰色、棕褐色分生孢子，它們能引起桃子等核果產生褐變甚至腐爛。

 

葡萄孢屬：瘦長形，產生多種顏色的分生孢子。菌絲體有隔膜，細胞頂端產灰色或黑色分生孢子，有時產不規則菌核。它們與蘋果、梨、草莓、葡萄以及一些核果的霉變有關。

 

絲衣霉屬：能耐較低的Eh值。該屬的許多菌株與食品的腐敗有關。

 

鐮刀孢屬：大量產淡粉紅色、紅色、紫色、或褐色棉花狀菌絲體，具有兩端漸細的紡錠狀隔膜及鐮刀狀分生孢子。它能引起柑橘類水果以及菠蘿等腐敗,對無花果有輕微的腐敗作用。      

 

地霉屬：酵母狀真菌，菌絲具有隔膜，繁殖方式為裂殖，可產生菌絲并形成節孢子。廣泛存在于肉類及許多蔬菜中，可引起果蔬的腐爛。白地霉常存在于乳品中。

 

從梗孢屬：產淡粉紅色、灰色、棕褐色分生孢子，它們能引起桃子等核果類產生褐變甚至腐爛。

 

食品中常見的酵母菌屬概要（Synopsis of common genera of foodborne yeasts）：

酒香酵母屬  Brettanomyces  假絲酵母屬  Candida  德巴利酵母屬  Dryptococcus

有孢漢遜酵母屬  Hanseniaspora  克魯維酵母屬  Kluyveromyces

畢赤酵母屬  Pichia  酵母屬  Saccharomyces

酒香酵母屬：不產孢子，能在頂端發芽生殖，在有氧 的條件下能利用葡萄糖發酵產乙酸。它能引起啤酒、軟飲料、腌漬品等的腐敗，同時與一些啤酒以及淡色啤酒的后發酵有關。

 

假絲酵母屬：大多數菌株存在于新鮮的碎牛肉或家禽中，最常見的菌株是熱帶假絲酵母。該屬中一些菌株與發酵食品有關。

 

伊氏酵母屬：該屬的菌株能產假菌絲體，并進行多側枝出芽生殖。它們在進行液體發酵時能夠產生菌膜。

 

隱球酵母屬：它們不產孢子，多側出芽生殖。不能發酵糖，菌體為透明、紅色或橙色，產節孢子。普遍存在植物、土壤、草莓以及其他水果、海洋魚類、河蝦及新鮮的水牛肉中。

 

有孢漢遜氏酵母屬：葡萄酒酵母，兩端出芽生殖，一般為檸檬形細胞。其子囊包含2~4個孢子。發酵能力強，但不耐高濃度乙醇。可引起水果的腐敗。

 

伊氏酵母屬：能夠產生假菌絲體，并進行多側出芽生殖。在進行液體發酵時能夠產生菌膜。

 

克魯維酵母屬 ：這些產子囊孢子的酵母以多側出芽生殖的方式繁殖，孢子的形態為橢圓形。

 

畢赤氏酵母屬：酵母中的大家族。以多側芽殖方式繁殖，子囊通常包含有4個橢圓球形子囊孢子，子囊孢子呈帽子狀或火星狀等。可能會形成假菌絲體和節孢子。在液體培養基中會形成膜。可以在橄欖鹽水中生長，引起泡菜腐敗。常作為真核基因表達受體。

 

紅酵母屬：細胞為球狀或卵圓形，少數能形成假菌絲，以多側出芽生殖的方式繁殖，不具有發酵性。能產生紅色或黃色色素，常引起基質著色，有的產生高濃度的脂肪（50％～60％）。

 

酵母屬：細胞呈球形、橢圓形或臘腸形，可形成假菌絲，以多側出芽進行無性繁殖，有性繁殖為同性結合或異性結合，或有雙倍體細胞形成子囊孢子，每個子囊形成1～4個子囊孢子。不發酵乳糖。為工業上常用的酵母菌。常存在于各種食品中，但很少引起腐敗。

 

裂殖酵母屬：這類產子囊孢子的酵母通過形成的十字墻側枝分裂繁殖，可以產真菌絲和節孢子。4~8個的子囊為豆形，不出芽。常存在于水果和糖蜜制品中。

 

有孢圓酵母屬：發酵能力強，含有輔酶Q-6，常存在于糖蜜制品中。

 

結合酵母屬：繁殖方式為多側出芽，形成的豆形囊孢子常常從子囊孢子中釋放出來。大多數是單倍體，能強烈發酵糖。

 

絲孢酵母屬：這類不產子囊孢子的氧化酵母以出芽方式和形成節分生孢子的方式繁殖。它們形成真菌絲，發酵糖的能力很弱，甚至沒有。