酸殺菌劑在毒理方面安全，而且具有生物活性，因此，常用于漂洗和殺菌過程中。有機酸如乙酸、過氧乙酸、乳酸、丙酸以及甲酸使用最廣泛。酸可以中和清潔劑殘留下來的堿，防止形成堿性沉積物并起殺菌作用。由于細菌表面帶有正電荷，負電荷表面活性劑可以與帶正電荷的細菌反應，致使其細胞壁被穿透，細胞組織的功能性遭到破壞。因此，酸殺菌劑是通過穿透并破裂細胞膜，離解分子，然后酸化細胞內容物，最后達到破壞微生物的目的。酸對芽孢和病原微生物的處理取決于劑量。這些化合物對不銹鋼表面或那些接觸時間可以延長的地方非常有效，并且它們對嗜冷微生物也具有高殺菌活性。在食品工廠中，將殺菌和最后的清洗結合起來操作是比較理想的。隨著自動清洗系統的發展，酸殺菌劑已成為理想的使用對象。一般設備在經過最終的清洗后，為了避免污染和腐蝕，都需要將它們封閉過夜。雖然這些化合物對pH變化敏感，但與碘相比，不易受硬水的影響。過去，這些用于自動清洗系統的合成去垢劑的缺點是形成泡沫，使設備上的殺菌劑難以去除。非泡沫型酸去垢殺菌劑解決了這個困難，從而得以廣泛用于食品工業中。但是，這種殺菌劑在pH較高的環境中對耐熱微生物的殺菌效率較差，高濃度時其作用不及輻射有效，會使食品（如肉）表面發生輕微變色并產生臭味。酸殺菌劑的價格-效能還沒有得到充分評估，對乙酸的研究表明，其在降低沙門氏菌屬污染方面缺乏效力。

　　酸殺菌劑作用快，能有效抵抗酵母和病毒污染，酸殺菌劑的最適范圍是pH＜3。陰性酸殺菌劑可以作為設備的清洗劑，能促使設備無銹、光澤、閃亮。這些殺菌劑有很好的潤濕性，不會引起生銹和腐蝕，允許設備整夜暴露在外。硬水和殘余有機物不影響陰離子酸殺菌劑殺滅微生物能力的主體效果，它們可通過噴灑或就地清洗（CIP）方式使用，若加入起泡劑，就可以實施泡沫清洗。如果存在堿性殘留物或陽離子表面活性劑，酸性殺菌劑將徹底失效。因此，在使用酸性殺菌劑之前，需要清洗表面以除去所有的清洗劑。

　　羧酸殺菌劑是一種廣譜殺菌劑。它們在稀釋狀態、在含有機物的環境中、在高溫下都十分穩定。這些殺菌劑不會腐蝕不銹鋼，保存期長，廉價，而且可作為殺菌劑和酸性清洗劑使用。羧酸殺菌劑殺滅酵母和霉菌的效果較差。在pH3.4～4.0以上時，殺菌效果不及一些化學殺菌劑。陽離子表面活性劑對其有負面影響，因此要徹底清洗以除去這些表面活性劑。這類殺菌劑會腐蝕非不銹鋼金屬、塑料和某些橡膠。

　　羧酸殺菌劑是一種脂肪酸殺菌劑，主要由游離脂肪酸、磺化脂肪酸、以及其它有機酸組成。除起泡性較差外，這類殺菌劑與陰離子酸殺菌劑十分類似（Anon., 1997）。