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生物安全柜與凈化工作臺在許多從業人員看來區別不大，其實它們無論是功能還是用處方面都有許多不同。
1、生物安全柜是一種在微生物學、生物醫學、基因重組、動物實驗、生物制品、生物安全實驗室和其他實驗室的生物安全防護隔離設備，廣泛使用于科研、教學、臨床檢驗和生產。生物安全柜的主要作用是在操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時,用來保護工作人員、實驗室環境以及實驗品,使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。其目的是保護實驗過程、操作人員及環境免受危害。
2、生物安全柜是一種負壓的凈化工作臺，正確操作生物安全柜，能夠保護工作人員、受試樣品并防止交叉污染的發生；而凈化工作臺只是保護操作對象而不保護工作人員和實驗室環境的凈化工作臺。因此，在微生物學和生物醫學的科研、教學、臨床檢驗和生產中，應該選擇和使用生物安全柜，而不能夠選擇和使用凈化工作臺。
3、凈化工作臺是為了保護實驗材料而設計的，通過風機將空氣吸入初效過濾器，經由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使操作區域達到百級凈化度，保證生產對環境凈化度的要求。一旦微生物樣品放置于工作區域,層流空氣將把帶有微生物介質的空氣吹向前臺工作人員而產生危險，所以超凈工作臺只保護樣品，不保護操作人員，凈化工作臺的優點是操作方便，比較舒適，工作效率高，預備時間短，開機10分鐘以上即可操作，基本上可隨時使用。
4、從凈化級別看，生物安全柜也比凈化工作臺高級。生物安全柜一般采用H14-U15的過濾效率更高的超高效過濾器。超凈工作臺大部分都是采用H13的高效過濾器。
