檢驗檢測機構所建立的管理體系最終目的是確保數據結果準確、可靠，而要使管理體系得到有效運行，除過管理體系本身之外，還應有內部組織領導機制作保障。

（1）應實行集體領導。檢驗檢測機構管理層通常由最高管理者、技術負責人和質量負責人組成，在資質認定時，要求管理層應確保管理體系能夠融入檢驗檢測全過程并實現預期結果，這就要求三者之間能夠協調一致，共同行使組織領導職能。但在實際運行當中，有些機構只是突出了最高管理者的領導地位，技術負責人和質量負責人遠沒有發揮出應有作用，甚至處于相對弱勢地位，使管理層對管理體系的領導作用大打折扣。檢驗檢測機構應實行集體領導，對機構的運行集體研究討論，形成集體決策，有利于機構的平衡發展。

（2）應按職責實施領導。在對實驗室機構的要求中，要求明確各崗位人員的職責，這也是組織內部建立分工協作的基礎。在實際運行中，有些機構并沒有按照管理體系要素進行職責分配，術語運用過于通俗，導致相互之間的職責任務劃分不清晰，尤其是對技術負責人和質量負責人所應承擔的工作任務理不清。還有些機構雖然也劃分了職責，但并沒有使人員理解和接受，也沒有進一步明確相互之間的界限，導致工作糾纏不清，影響工作效率。檢驗檢測機構應按管理體系運行要素進行職責劃分，使所有人員明確自身的工作程序與要求，并按照職責實施領導，可大幅度提升組織領導效率。

（3）應按職級實施管理。組織結構建立的一個重要作用就是明確了相互之間的隸屬關系，這種職級關系是通過管理層的權威建立起來的，是組織穩定運行的關鍵。這種職級關系要求工作任務應按級下達，要求做到下級服從上級，這種服從具有權威性和強制性。但在實際運行當中，這種具有權威性的職級關系會被輕易的打破，尤其是被管理層甚至是最高管理者打破，造成了組織管理的混亂和無序。在組織內部應建立正規的職級關系，每個人都應有一個正規的溝通渠道，誰下達任務，聽誰的指令；向誰匯報工作，向誰負責，每個人的工作應有指向性，有利于建立穩定成熟的工作關系。 

（4）應按制度實施管理。管理體系文件是檢驗檢測機構一套完整的工作制度，規定了實驗室各要素運行的規則，明確了各項工作具體運行詳細的程序和流程。實驗室都有一個共識，就是管理體系文件通常是由管理層審核發布的，是所有人員必須遵守的行為準則。但在實際運行中，如此嚴肅的管理體系文件卻棄之不用，使本來形成共識的制度、成文的規定被所謂外來的經驗沖擊的支離破碎。按制度實施管理并非一朝一夕，需要有足夠的耐心和長期的積累，而一旦得到全體人員的理解和實施，必然會形成無法復制的核心競爭力。