藻類的種類很多，常見的可以利用和食用的海水藻類、淡水藻類有很多。但是對于水域造成污染的一般都是藍藻。
在一些營養豐富的水體中，有些藍藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一層藍綠色而有腥臭味的浮沫，稱為“水華”，大規模的藍藻爆發，被稱為“綠潮”（和海洋發生的赤潮對應）。綠潮引起水質惡化，嚴重時耗盡水中氧氣而造成魚類的死亡。

更為嚴重的是，藍藻中有些種類（如微囊藻）還會產生毒素（簡稱MC），大約50%的綠潮中含有大量MC。MC除了直接對魚類、人畜產生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。