鮮菇一經采收，須整齊地排放在小型矮裝容器內，并盡快送往低溫車間進行處理。容器的長、寬、高分別為40厘米、８厘米、16厘米，其形狀如周轉箱，底部為實板，四周預設直徑為２～３厘米的圓孔，底下四角均有內縮插接角塊，以便于碼高多層。鮮菇采收時順頭排放，不可使頭尾相接，以免造成污染。低溫車間內的溫度為１℃～３℃，可將普通恒溫冷庫改造后利用。鮮菇成箱搬入車間后分開擺放，不得再碼高多層，以便于菇體充分降溫，該環節對于氣溫高于15℃時采收的鮮菇尤為重要。需要準備的工具為薄片不銹鋼刀或竹片刀以及小包裝的封口、打箱設備等。
    用小刀將鮮菇基部削凈，去掉泥土、基料等雜物，鱗片多時應一并除去，一般不用水洗，否則會縮短貨架壽命。
    待菇體內部降溫至３℃以下時即可分裝。一般可用泡沫質地的材料制作成高５厘米左右的單盒，每盒約裝鮮菇150克。若禁銷塑料包裝，可定制紙質盒。雞腿菇適宜16厘米×10厘米×４厘米規格的包裝，姬松茸適宜15厘米×10厘米×６厘米規格的包裝，真姬菇、楊樹菇等適宜16厘米×８厘米×４厘米規格的包裝。根據鮮菇形態及規格大小確定排放方式，然后封包保鮮膜。最后，將小包裝盒裝入泡沫保鮮箱內，每箱可裝36盒，用透明膠帶封口即成。
    另外，短期貯存和運輸時可使用冰塊降溫保鮮或用冷藏車運輸，冷藏溫度控制在１℃～３℃。