花椰菜較耐低溫，適宜的貯藏溫度為0～1℃，相對濕度以95%左右為宜，如濕度偏低或通風量過大，花球失水萎蔫、松散，品質變差。在低氧（2%以下）、高二氧化碳（5%以上）環境中引起生理失調，花球出現類似煮后的癥狀，并產生異味而失去食用價值。機械傷害也會加速衰老變質。
   　品種選擇、栽培要求及采收
     用于貯藏的花椰菜宜選擇花球緊實、品質好、耐熱或抗寒、適應性強的中、晚熟品種。春季可選用福農10號、瑞士雪球，秋季可選荷蘭雪球等。
     栽培中在加強水肥管理的同時，尤須注意磷鉀肥的合理施用，這不僅能促進花球良好發育，還可防止因缺鉀肥而發生黑心現象。花椰菜對硼等元素也很敏感，缺硼會導致花球開裂，嚴重時變褐色，產生苦味。缺硼的土壤要注意硼肥的施用。
     采前措施：花球剛露出時，將花球周圍的葉片攏起，用草繩等輕輕捆扎，或者將花球附近的1～2片葉折斷，覆蓋在花球上，以保持花球的潔白柔嫩。采前4～5天停止灌水。
  　  采收標準：花球裸露，含水量較高，質地脆嫩時即可采收。采收時要小心操作，輕摘輕放，選擇充分長大，表面圓正，邊緣花蕾未散開的花球，一般在下午4：00～5:00采收，白花球下留2～3輪葉片處割下，如用于假植貯藏，要連根帶葉采收。雨天不宜采摘。
 　　 預貯措施
 　  1.挑選整修 選擇直徑15cm左右、結球緊實、潔白、無病蟲害、無機械傷的花球，留3～5片葉，并切除下部過老的花莖。
   　 2.防腐處理 貯前可用0.15%托布津溶液浸蘸花球蒂部（不可浸入至花球）或用克霉靈保鮮劑（其主要有效成分為仲丁胺）揮發熏蒸，方法是每kg花椰菜用0.lmg克霉靈保鮮劑浸沾在吸水性好的紙或棉布條上，均勻地掛在菜垛四周或垛與垛之間，熏24小時即能抑制菜體表面的病原菌。對窖、庫體以及包裝物件、架材等用0.5%的漂白粉液噴灑或用克霉靈保鮮劑在密封條件下熏蒸消毒滅菌。
  　  3.預冷 可采取自然氣溫下預冷，將待貯產品及時置于陰涼通風處，白天遮蔭、夜間敞開。如有冷庫可先將庫溫漸降至4～5℃，啟用通風設施快速降低菜體溫度。此法快而穩定，效果尤佳。
  　 貯藏方法
  　  1.假植貯藏 冬季不十分寒冷的地區，可利用陽畦、簡易貯藏溝假植貯藏。立冬前后將尚未長成的小花球連根帶葉挖起，假植在陽畦或貯藏溝中，行距25cm，根部用土填實，再把植株的葉片攏起捆扎好，護住花球。假植后立即灌水，適當覆蓋防寒，中午溫度較高時適當放風。進入寒冬季節，加蓋防寒物，并視需要灌水。假植區域內的小氣候溫度前期可高些，以促進花球生長成熟。至春節時，花球一般可長至0.5kg。該法經濟簡便，是民間普遍采用的貯藏方式。
    　2.菜窖貯藏 經預處理后的花椰菜裝筐至八成滿，入窖碼垛貯藏，垛的高度隨窖高度而定，一般4～5個筐高，須錯開碼放。垛間保持一定距離，并排列有序，以便于操作管理和通風散熱。為防止失水，垛上覆蓋塑料薄膜，但不密封。每天輪流揭開一側通風，調節溫、濕度。貯藏期間須經常檢查，發現覆蓋膜上附著凝聚水要及時擦去，有黃、爛葉子隨即摘除。應用該法貯期不宜過長，20～30天為好。可用于臨時吞吐周轉性短期貯藏。
    　3.冷庫貯藏
   　（1）自發氣調貯藏 在冷庫中搭建長4.0～4.5cm、寬1.5m、高2.0m左右的菜架，上下分隔成4～5層，架底部鋪設一層聚乙烯塑料薄膜作為帳底。將待貯花球碼放于菜架上，最后用厚0.023mm聚乙烯薄膜制成大帳罩在菜架外并與帳底部密封。花椰菜自身的呼吸作用，可自發調節帳內的氧與二氧化碳的比例，但須注意氧不可低于2%，二氧化碳不能高于5%。控制方法：通過啟開大帳上特制的“袖口”通風（簡稱透帳）。貯藏最初幾天呼吸強度較大，須每天或隔天透帳通風，隨著呼吸強度的減弱，并日趨穩定，可2～3天透帳通風1次。貯藏期間15～20天檢查1次，發現有病變的個體應及時處理。為防止二氧化碳傷害，在帳底部撒些消石灰。在菜架中、上層的周邊擺放一些高錳酸鉀載體（用高錳酸鉀浸泡的磚塊或泡沫塑料等）吸收乙烯，貯藏量與載體之比是20∶1。大帳罩后也可不密封，與外界保持經常性的微量通風，加強觀察，8～10天檢查1次。以上方法可貯藏50～60天，商品率達80%以上。
    　（2）單花套袋貯藏 用0.015mm厚的聚乙烯薄膜制成長、寬分別為40、30cm（或根據花球大小而定）的袋子。將備貯的花球單個裝入袋中，折疊袋口，再裝筐碼垛或直接碼放在菜架上貯藏。碼放時花球朝下，以免凝聚水落在花球上。這種方法能更好地保持花球潔白鮮嫩，貯期達3個月左右，商品率約為90%。此法貯藏效果明顯優于其它貯藏方式，在有冷庫地區可推廣應用。應用此法須注意的是花椰菜葉片貯至兩個月之后開始脫落或腐爛，如需貯藏2個月以上，除去葉片后貯藏為好。