收獲后的洋蔥由于具有休眠的特性，即使有適宜的生長條件也不萌芽，故可以在高溫干燥的條件下貯藏一段時期。洋蔥休眠期的長短因品種不同而差異很大，一般在1.5～2.5個月之間。休眠結束后的洋蔥，遇到適宜的條件便發芽生長，造成品質下降，乃至不能食用。如在洋蔥解除休眠前(發芽前)15天左右轉入0～3℃的低溫環境，則可推遲發芽，達到延長貯藏期的目的。
1．帶葉編辮貯藏
    將挑選過的洋蔥編成辮，每辮40～60頭，長約l米。兩條單辮扎在一起再曬晾數日，待葉片全黃、蔥頭充分干燥后即可貯藏。選陰涼、干燥、通風的房屋或蔭棚，將洋蔥辮掛在其中的架子上。為了防止雨淋或水浸，也可在四周圍上席子。此法貯藏期短，休眠期過后便陸續發芽，優點是由于通風條件較好，故腐爛率較低。
2．堆藏
    一般選地勢高、干燥、通風、排水良好的地方，用枕木、秫秸等墊起離地約30厘米的臺，將洋蔥辮或洋蔥把縱橫交錯碼在臺上成垛，垛長5～6米、寬約1.5米、高約1.5米，每垛可貯5000千克左右。頂上覆蓋3～4層席子，四周圍2層席子，再用繩索縱橫捆實，以防雨水淋濕，保持垛內干燥。封垛初期可視天氣狀況將垛打開1～2次進行曬晾，以排除垛內濕熱空氣。貯藏期間逢雨后要仔細檢查，如有漏水應拆垛曬晾。待氣溫降低到0℃以下時，加蓋草簾防凍，或轉入貯藏。若管理適當，應用此法洋蔥貯藏期可達3個月左右。
3．低溫庫貯藏
    洋蔥采收后先進行愈傷處理，可在田間或蔭棚內利用自然高溫條件進行，也可在庫房內用27～35℃干熱風處理2～4天，當洋蔥莖部變細、外部鱗片變干發脆時即可轉入0℃的環境下貯藏，此法貯藏期可達4～5個月。或在洋蔥脫離休眠期之前2周左右將蔥頭裝筐，在冷庫內碼垛貯藏。控制溫度為0～3℃，相對濕度為65％～70％。貯藏中要注意通風，以便及時排除濕氣。
4．簡易氣調貯藏
    在蔭棚內將曬干的蔥頭于發芽前2周左右裝筐碼垛，用聚乙烯塑料帳封閉，使氧氣維持在3％～6％，二氧化碳維持在8％～12％，溫度保持穩定。貯藏期間盡可能不要開帳，不得已開帳時，應在重新封閉時充氮降氧，否則會因低氧環境受到破壞而造成洋蔥迅速發芽。此外每5～7天應向帳內通入垛內空氣0.2％的氯氣，以防止病害的發生。
5．輻射處理
    在休眠期結束前用γ射線照射洋蔥，可顯著地抑制發芽。照射計量和時間因品種不同而不同。