馬鈴薯貯藏的目的主要是保證食用、加工和種用品質。食用商品薯的貯藏，應盡量減少水分損失和營養物質的消耗，避免見光使薯皮變綠，食味變劣，使塊莖始終保持新鮮狀態。加工用薯的貯藏，應防止淀粉轉化為糖。種用馬鈴薯可見散射光，保持良好的出芽繁殖能力是貯藏的主要目標。采用科學的方法進行管理，才能避免塊莖腐爛、發芽和病害蔓延，保持其商品和種用品質，降低貯藏期間的自然損耗。

馬鈴薯貯藏期間要經過后熟期、休眠期和萌發期三個生理階段。

后熟期：

收獲后的馬鈴薯塊莖還未充分成熟，生理年齡不完全相同，大約需要半個月到一個月的時間才能達到成熟，稱為后熟期。這一階段塊莖的呼吸強度由強逐漸變弱，表皮也木柱化，塊莖內的含水量在這一期間下降迅速(大約下降5％)，同時釋放大量的熱量。因此，剛收獲的馬鈴薯要在背蔭通風處攤開晾曬15天左右，使運輸時破皮、擠傷、表皮擦傷的塊莖進行傷口愈合，形成木栓層和傷口周皮并度過后熟階段，然后再裝袋入庫或窖。

休眠期：

后熟階段完成后。塊莖芽眼中幼芽處于穩定不萌發狀態。塊莖內的生理生化活動極微弱，有利于貯藏。0.5-2℃可顯著延長貯藏期。

萌發期：

馬鈴薯通過休眠期后，在適宜的溫濕度下，幼芽開始萌動生長，塊莖重量明顯減輕。作為食用和加工的塊莖要采取措施防止發芽，如噴抑芽劑等。馬鈴薯貯藏過程中，前后期要注意防熱，中間要注意防凍。

馬鈴薯在貯藏期間塊莖重量的自然損耗是不大的，傷熱、受凍、腐爛所造成的損失是最主要的。因此要了解和掌握馬鈴薯貯藏過程與環境條件的關系及對環境條件的要求，采用科學管理方法，最大限度地減少貯藏期間的損失。

首先，倉庫或窖要清理、消毒，通風換氣，使庫(窖)內濕氣排除、溫度下降。對要入庫(窖)的馬鈴薯，先晾曬，使其在庫(窖)外渡過后熟期，然后裝袋碼垛，垛不要高，一般碼五袋高，兩列并排為一行，行與行之間要留半米左右的通風道，行的長度視庫(窖)的大小來定。包裝袋最好選用網眼袋，利于通氣散熱。要用木杠將袋子與地面隔開，利于地熱及土地濕氣的散失。馬鈴薯貯藏期間的溫度調節最為關鍵。因為貯藏溫度是塊莖貯藏壽命的主要因素之一。環境溫度過低，塊莖會受凍；環境溫度過高會使薯堆傷熱，導致爛薯。一般情況下，當環境溫度在-1--3℃時，9個小時塊莖就凍硬；-5℃時2個小時塊莖就受凍。長期在0℃左右環境中貯藏塊莖，芽的生長和萌發受到抑制，生命力減弱。高溫下貯藏，塊莖打破休眠的時間較短，也易引起爛薯。最適宜的貯存溫度是，商品薯4-5℃，種薯1-3℃，加工用的塊莖以7-8℃為宜。

環境濕度是影響馬鈴薯貯藏的又一重要因素。保持貯藏環境內的適宜濕度，有利于減少塊莖失水損耗；但是庫(窖)內過于潮濕，塊莖上會凝結小水滴，也叫"出汗"現象。一方面會促使塊莖在貯藏中后期發芽并長出須根，另一方面由于濕度大，還會為一些病原菌和腐生茵的侵染創造條件，導致發病和腐爛。相反，如果貯藏環境過于干燥，雖可減少腐爛，但極易導致薯塊失水皺縮，同樣降低塊莖的商品性和種用性。

馬鈴薯無論商品薯還是種薯，最適宜的貯藏濕度應為空氣相對濕度的85％--90％。

商品薯貯藏應避免見光，光可使薯皮變綠，龍葵素含量增加，降低食用品質。種薯在貯藏期間見光，可抑制幼芽的生長，防止出現徒長芽。此外，種薯變綠后有抑制病菌侵染的作用，避免爛薯。另外，貯藏期間要注意適量通風，保證塊莖有足夠氧氣進行呼吸，同時排除多余二氧化碳。

影響馬鈴薯塊莖貯藏的內部因素有兩個，一是品種的耐貯性，二是塊莖的成熟度。在同樣的貯藏條件下，有的品種耐貯性強，有的品種耐貯性差。因此應選擇適于當地貯藏條件的品種。另外成熟度好的塊莖，表皮木栓化程度高，收獲和運輸過程中不易擦傷，貯藏期間失水少，不易皺縮。此外，成熟度好的塊莖，其內部淀粉等干物質積累充足，大大增強了耐貯性。末成熟的塊莖，由于表皮幼嫩，未形成木柱層，收獲和運輸過程中易受擦傷，為病菌侵入創造了條件。由于幼嫩塊莖含水量高，干物質積累少，缺乏對不良環境的抵抗能力，因此貯藏過程中易失水皺縮和發生腐爛。