隨著實驗室手段的不斷進步，分離病原成為疾病診斷的重要步驟。然而，用高技術分離病原時至少應注意以下幾方面的問題。

主要矛盾與次要矛盾的區別在本身就可能存在復雜混合感染的亞健康狀態的動物群體中分離病原時，應找到的病原是原發病原還是繼發病原，是主導病原還是附屬病原，作出結論時更需要從多個方面進行綜合評價。

實驗室方法誤差敏感度和精確度均極高的聚合酶鏈式反應測定方法對各方面要求極高，導致誤差產生的可能性加大。

現在業內人士最為關心的豬圓環病毒和藍耳病病毒感染問題，理論上陽性豬場的所有個體均有可能已經感染，但經過檢驗表明同一實驗室對同一動物群體的多次測定結果一般都不相同，不同實驗室對同一樣本之測定結果往往差異更大。無論是哪種實驗室方法都有一定的誤差存在，切不可對個別檢測結果做太絕對的結論。

分離時機

現時對很多病原在動物體內的消長規律還缺乏透切的了解，尤其是流感病毒出現血毒癥的時機相當微妙。如果沒有對發病動物作及時細致的跟蹤觀察，而只呈隨機性抽取血樣，很難捕獲目標。

藥物干擾

對患畜作抗生素、化學藥物處理以及疫苗接種等措施都有可能影響病原分離結果。因此，對大批樣品處理方法可能應有別于實驗動物。鑒于上述問題，沒有任何理由只憑分離出病原與否來作出現時流行豬病的病因判斷。

對病因、病原判斷的方法

由于實驗室生物測定技術的進步，給研究工作帶來突破性進展，然而也容易造成人們過分依賴先進技術的思維習慣，而忽略了一些經典判斷方法。對待最近流行豬病的病原、病因判斷很有必要回歸理性思維軌道，如臨床癥狀、抗體檢測、病理解剖、流行病學規律分析、組織切片、臨床處理結果反饋、病原分離、柯赫氏定律。在臨床混合感染較為復雜的背景下，根據流行病學規律及臨床處理結果來作綜合分析可能會得到很有價值的啟示，而在未遵循柯赫氏定律多次驗證之前不宜輕率作出發現未知病原的結論。

臨床處理方案

流行豬病以流感及圓環病毒病為主，對發病的患畜應采取隔離、加強保溫、加強消毒、在飲水中添加消毒劑和維生素等處理措施，等其耐過感染后自行恢復，切不可采取急性接種任何疫苗或注射抗生素等加劇應激的措施。否則不但于事無補，還會加速病程。對仍能自主采食的疑似患畜則應加強管理措施，適當補充維生素，盡量減少應激，并做好消毒工作，控制繼發感染。

重構動物的主動免疫功能是當務之急

從近年臨床診斷處理結果分析，豬群之所以如此易感，在任何可以產生流行因素的病原攻擊下都可以導致大面積發病并損失慘重。主要原因是動物群體的主動免疫功能已十分脆弱，免疫應答反應機制不完善，免疫麻痹現象十分普遍，很多情況下超劑量疫苗接種也無法收到預期效果。因此，真正從動物的基本健康出發，重構動物群體的非特異性免疫功能是當前防控疫病的當務之急。

流行病面前的應對與反思

面對還難以預料何時會停止的流行病害，結合近年來的豬病變化情況，業內人士似應理性地思考一些無法回避的問題。政府主管機構應以務實的態度及時制定遏制病害流行的有效措施。重整農村基層獸醫防疫機構，使之真正起到有效的作用。有計劃地培訓農村從業人員，使之能真正掌握最基本的養豬知識，而不是只通過良莠不齊的商業途徑獲得經驗；在沒有得到有效措施之前，審慎考慮滅活病變組織分離物在可控條件下的使用；樹立和加強生物安全的觀念，采取果斷的行政措施，切斷飼料源性生物污染及有害金屬污染的途徑，禁止人類藥物用于動物，通過有效的方法來恢復和提高動物群體正常免疫功能，是今后要面對的重點課題。