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減輕對環(huán)境的污染。不需要對豬糞采用清掃排放，也不會形成大量的沖圈污水，從而沒有任何廢棄物、排泄物排出養(yǎng)豬場，基本上實現(xiàn)了污染物“零排放”標準，大大減輕了養(yǎng)豬業(yè)對環(huán)境的污染。
節(jié)省藥費。豬吃了微生物菌以后，能幫助消化，還在一定程度上提高豬群的抵抗力，并且發(fā)酵床養(yǎng)豬減少了藥物的使用，同時減少了豬肉的藥物殘留問題。
節(jié)約能源。常規(guī)法養(yǎng)豬，需大量的水來沖洗豬糞尿，而采用此法只需提供豬只的飲用水，能節(jié)約80%～90%的水；發(fā)酵床產(chǎn)生熱量，豬舍冬季無須耗煤耗電加溫，節(jié)省了能源支出。
節(jié)省飼料。原理是糞便給菌類提供豐富的營養(yǎng)，促使有益菌不斷繁殖，形成菌體蛋白，豬只通過拱食圈底填充料中的菌體蛋白，補充了營養(yǎng)，因而在一定程度上可以相對節(jié)省飼料。
變廢為寶。墊料在使用一年半后，形成可直接用于果樹、農(nóng)作物的生物有機肥，達到循環(huán)利用、變廢為寶的目的。 發(fā)酵床養(yǎng)豬的缺點
不能使用化學(xué)消毒藥品和抗生素類藥物。如果使用，將殺滅和抑制微生物（所謂的益生菌），或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，雖然發(fā)酵床養(yǎng)豬疾病比傳統(tǒng)飼養(yǎng)發(fā)病率低，但不是不會發(fā)生。而當(dāng)豬場和豬群發(fā)生呼吸道疾病時，養(yǎng)豬戶面臨著兩難的選擇，不用藥，豬生長速度緩慢，成活率、生長速度、飼料報酬均降低。另外，所謂的益生菌是不可能抑制病毒的，當(dāng)豬場發(fā)生藍耳病、圓環(huán)病毒等常見病毒性疾病，或者口蹄疫、豬瘟等烈性傳染病時，連化學(xué)消毒藥都不能使用，單純靠隔離治療疫病是不可能控制住的，一旦發(fā)病將損失慘重。
建設(shè)成本高。豬舍占地面積大，100平方米只能養(yǎng)50頭～70頭豬（每頭豬占地面積1.5平方米），而目前規(guī)模化養(yǎng)豬場100平方米可飼養(yǎng)100頭豬，因此需要一大筆費用來改造。
養(yǎng)豬成本不一定能下降。有些發(fā)酵床養(yǎng)豬的推廣者強調(diào)一次性噴灑菌液可以維持很長時間的菌種生長。要知道，菌種的生長是和墊料的組成以及溫濕度直接相關(guān)。就目前所呈現(xiàn)的比較粗獷的墊料組成，不能為菌種的生長提供適宜的條件，那就需要定期噴灑，但菌液的成本代價又是非常高的，因為對濃度要求比較高，勢必會增加成本。
易造成豬抵抗力下降。發(fā)酵床是靠木屑、米糠等粉狀物吸收豬的排泄物，而豬有拱食的習(xí)慣，木屑、米糠等粉狀物會因為豬拱食物進入呼吸道，造成呼吸道疾病。發(fā)酵后在墊料中存在著大量的霉菌毒素，豬只采食霉菌毒素后，常引起其免疫抑制，抵抗力下降，造成飼料報酬不升而降。
夏季豬舍內(nèi)溫度過高影響豬的生長發(fā)育。很多豬場豬舍內(nèi)均裝有空調(diào)，豬舍內(nèi)發(fā)酵起來溫度太高，夏天不利于豬的健康生長。特別是在我國的南方地區(qū)，本來氣溫就很高，發(fā)酵散熱雖然表層溫度并不高，但豬所處的環(huán)境溫度上升，豬只生長速度緩慢，飼料報酬有所下降。
床面濕度控制在60%左右。濕度過低不利于微生物繁殖，并會導(dǎo)致豬發(fā)生呼吸系統(tǒng)疾病，而濕度過高豬寄生蟲病危害嚴重，豬在啃食菌絲時將蟲卵再次帶入體內(nèi)而發(fā)病，而且皮膚病危害嚴重。
勞動量不一定能降低。發(fā)酵床養(yǎng)豬，豬群轉(zhuǎn)群較為不便，飼喂也較麻煩，如果沒有配合較先進的飼喂設(shè)備，飼養(yǎng)員的勞動量不一定能降低。
如何使菌種適應(yīng)不同氣候條件。由于豬舍是半開放式的，受外界的環(huán)境變化的影響，如何使菌種在不同的氣候條件下都能發(fā)揮較高的效率也是一個需要解決的問題。
根據(jù)目前我國的實際情況，大規(guī)模推行發(fā)酵床養(yǎng)豬仍值得探討，客觀地說，目前發(fā)酵床養(yǎng)豬法比較適合我國北方地區(qū)規(guī)模較小的養(yǎng)豬戶 （場）應(yīng)用。
