大量廣泛地使用獸藥，必然會使細菌耐藥性增加。尤其在經濟全球化的今天，耐藥菌傳播速度越來越快，范圍越來越廣。獸藥的廣泛使用甚至是濫用，會使敏感菌大量死亡，耐藥菌得以大量繁殖，促進和增強了細菌的耐藥性。耐藥性的產生使抗菌藥的藥效越來越低，使用標準的給藥劑量已經不能起到防病治病的作用，必須不斷加大劑量才有可能有效，這就會導致病程延長，藥費增加，還可能引發并發癥，導致患畜死亡率升高。有的病原菌甚至由于耐藥性的作用增強了致病性，導致疾病大規模流行，極大地危害動物健康，同時也給畜牧業生產造成直接的經濟損失。細菌耐藥性的問題不僅影響動物疾病的防治，而且對人類的健康還有著嚴重的威脅。

危害公共衛生

如果一次性攝入大量的殘留物，會出現急性中毒反應（過敏、中毒）。當抗菌藥物殘留于肉食品中進入人體后，就使部分敏感人群致敏，產生抗體。當這些被致敏的個體再接觸這些抗生素或用這些抗生素治療時，這些抗生素就會與抗體結合，生成抗原抗體復合物，發生過敏。

影響臨床用藥和新藥研發

長期接觸某種藥物，可使機體體液免疫和細胞免疫功能下降，以致引發各種病變，形成疑難病癥，或用藥時產生不明原因的毒副作用，給臨床診治帶來困難。例如，維生素E被稱為“萬能”維生素，對于畜禽的生長、保育均有很重要的作用，使用得越多，引起的殘留量越大，肉制品、臟器及蛋中均有較多殘留。其次，藥物的不合理使用會給臨床治療費用帶來壓力。臨床致病菌耐藥性的不斷增加，使抗生素的藥效越來越低。動物養殖過程中，發生感染性疾病時，若試用幾種抗菌藥物均無效，不但加大了飼養成本，更由于病程延長影響了動物的生產性能，使養殖利潤下降，甚至血本無歸。同時獸藥濫用給新藥開發也帶來壓力。由于藥物濫用，細菌產生耐藥性的速度不斷加快，耐藥能力也不斷加強。這使得抗菌藥物的使用壽命也逐漸變短，為此需要不斷開發新的品種以克服細菌耐藥性。然而，研制新藥周期長，技術要求高，資金消耗大，而成功率卻很低。新抗菌藥開發的速度減慢，而細菌的耐藥性不斷加快，這必將會給人類帶來巨大的危害。污染環境

動物用藥以后，藥物以原形或代謝物的形式隨糞尿等排泄物排出，殘留于環境中。絕大多數獸藥排入環境以后，仍然具有活性，會對土壤微生物、水生生物及昆蟲等造成影響，尤其是驅蟲藥和抗菌藥對環境的危害較大。這些藥物通過不同的方式進入土壤和水里，不僅促進細菌耐藥性的產生，而且殘留在其中的藥物還會通過食物鏈對人和動物的健康造成危害。