非典型豬瘟主要發生于免疫過豬瘟疫苗的豬群，發病日齡較小，主要發生于3月齡以內的小豬，尤以30~60日齡的保育豬多見。發病率不高，病后不表現豬瘟的臨床癥狀(眼屎膿狀糊兩眼、高燒發抖腰弓起、皮膚指壓不退色、先屙干屎后拉稀)，但致死率較高，子豬死亡率高于大豬。對此可采取以下措施控制與凈化：
   
　　強化母豬免疫 如確認豬場有非典型豬瘟和豬瘟持續感染時，可優先采用豬瘟兔體脾淋毒疫苗對母豬進行免疫。1年免疫3次，每頭每次1~2頭份。也可采用加大常規疫苗劑量的方法進行免疫。當用大劑量疫苗免疫后，所有耐過豬均不帶毒。在生產中，給豬注射1頭份國內生產的兔化弱毒疫苗以后，豬仍有可能出現非典型豬瘟，而注射大劑量疫苗則可以獲得良好的免疫效果。因此，增加疫苗免疫劑量對控制非典型豬瘟是十分必要的，這能較好地預防豬瘟的臨床和亞臨床感染，能較好地切斷持續感染 (亞臨床感染)→胎盤感染→母豬繁殖障礙→子豬持續感染→豬瘟傳染源的惡性循環。
   
　　制定合理的免疫程序 子豬超免：如診斷確實存在較嚴重的豬瘟，可進行豬瘟超前免疫。初生子豬出生后立即接種豬瘟疫苗，間隔1~2小時再哺以初乳。為了做好超前免疫，可采取母豬同期分娩措施。用氯前列烯醇2毫升，稀釋后注射4~6頭臨產母豬，可使母豬在注射后24小時分娩。制定子豬的免疫程序：強化母豬豬瘟免疫后，應根據豬場豬瘟抗體監測的結果和豬瘟抗體消長規律制定子豬的免疫程序，避免母源抗體的干擾。加強免疫：對超前免疫的子豬，可在其35日齡時用兔體脾淋毒疫苗加強免疫1次 (每頭1頭份)，70日齡再加強免疫1次。具體操作時最好依據各場實際適當調整。
   
　　隔離或淘汰帶毒母豬 可用豬瘟診斷試劑盒或活體扁桃體熒光抗體等方法檢出豬瘟帶毒母豬。對檢出的帶毒母豬進行隔離，加強免疫，或直接淘汰。在豬群中開展抗體監測時，如發現經準確免疫或多次免疫，而抗體水平仍然低下的母豬，也應予撲殺。
   
　　控制與凈化好偽狂犬病等 豬場存在免疫抑制性病原如偽狂犬病毒、豬呼吸與繁殖綜合征病毒等時，容易造成豬瘟免疫失敗。如要在豬群中進行偽狂犬病免疫接種時，注意豬瘟免疫在前，偽狂犬病免疫在后。一般進行豬瘟免疫后至少1周才能進行偽狂犬病的免疫。