合理地使用抗菌藥物防治畜禽疾病，對于畜牧業的發展將起到促進和推動作用，然而不合理、盲目濫用藥物不但起不到治療、控制疾病的作用，反而會引起療效下降或消失、動物中毒、耐藥性產生及藥物殘留等多種不良后果，并使治療費用增加。因此，臨床上應合理使用抗菌藥物，以達到殺滅病原微生物和控制感染，并防止不良后果發生的目的。那么，怎樣才能做到合理用藥呢？
　　
防重于治
　　
　　根據當時、當地以及本單位疫情發生與流行情況，無病時有目的地使用疫苗預防接種，有計劃地使用預防性藥物進行預防，發生疾病時則根據實際情況進行治療。
　　
正確診斷
　　
　　畜禽一旦發病后，應盡可能采取各種診斷手段對病因進行確證。根據診斷的結果，確定病原菌，及早選擇對該病原微生物高度敏感、不良反應小的藥物進行治療。有條件的地方可分離病原菌，進行藥敏試驗，根據其結果有針對性地選擇藥物，避免盲目用藥。
　　
選好藥品
　　
　　用藥時根據“有效、經濟、安全、方便”的原則選用藥物。選擇質量有保證、信譽好的獸藥廠家的產品，絕對不能貪圖便宜而選用一些無廠名廠址、無批準文號、無出廠日期、無有效成分含量、價格較低、療效不確定的藥物，也不能使用過期藥物。
　　
劑量適宜
　　
　　抗菌藥物的劑量一定要適當，不宜過大或過少。劑量過少，達不到有效治療濃度，起不到治療作用，且易導致耐藥性菌株的產生；劑量過大，不僅造成浪費，使用藥成本增高，而且會引起毒副反應和藥物殘留。對較急病情，首次或首天用加倍量，以便給病原菌以致命性打擊，隨后第二三天維持用量。對肝腎功能不良的病畜，應按所用抗菌藥物影響肝腎程度而酌減用量，主要經腎排泄的抗菌藥物，在用于治療泌尿系統感染時，用量不宜過大。
　　
療程適當
　　
　　一般傳染病和感染癥應連續用藥3天~5天，直至癥狀消失后，再用藥1天~2天，以鞏固療效。對于一些慢性感染，則應適當延長療程，如雞傳染性鼻炎，治療用藥應不少于7天，否則易復發。用藥時間過短，起不到徹底殺滅病原菌的作用，易導致舊病復發，給再次治療帶來困難；用藥時間過長，同樣會造成藥物浪費、藥物殘留及動物中毒。
　　
恰當的給藥途徑
　　
　　常用的給藥方法有拌料、飲水和注射。給藥途徑的選擇應根據藥物本身的特性、劑型、病情及病畜禽的食欲和飲水狀況而定。對于易溶于水且其水溶液穩定的藥物可采用飲水給藥，為了保證效果，飲水給藥前應停水1小時~2小時。對于難溶于或不溶于水的藥物則用拌料給藥，拌料給藥時要注意充分混合均勻，防止拌料不均，引起個別畜禽攝入量不足而起不到治療作用，或個別畜禽攝入量過大而引起中毒。對于胃腸道難吸收的藥物，須及時控制病情發展，對一些全身性疾病（如敗血癥）等的治療則宜采用注射給藥。對于給藥較多的（如家禽）則口服給藥較為方便，而對于零星散養的家畜則注射給藥療效可靠。
　　
科學配伍藥物
　　
　　臨床上聯合用藥目的在于通過配伍使用不同的藥物獲得協同或相加作用，從而可以提高療效，減少藥物用量，降低或避免毒性反應，防止或延緩耐藥菌株的產生，如市售的利高霉素是林可霉素與壯觀霉素的合劑。但配伍不當會產生配伍禁忌，影響其療效，甚至帶來不良后果；如青霉素與四環素合并用藥，使青霉素的作用受到干擾，兩種氨基甙類藥物合用其毒性增強。因此，臨床上多種藥物合用時，要考慮不同藥物的作用機制和理化性質之間是否有配伍禁忌，決定是否能聯合使用，尤其是注射液之間的配伍應更值得注意。
　　
輪換用藥，防止耐藥性的產生
　　
　　長期使用某一種抗菌藥，病原微生物易產生耐藥性，從而降低藥物的療效或使藥物失效。因此有必要選擇幾種有效藥物交替使用，這樣能避免或延緩病原微生物產生耐藥性，充分發揮藥物的作用。對于反復發生的疾病，應更換長期未用過的藥物或新品種，從而有利于控制疾病發展。
　　
應激時用藥
　　
　　在動物長途運輸、轉群、氣候突變及家禽斷喙的情況下，選用多種維生素、抗菌藥物等抗應激劑進行拌料或飲水，連用3天~5天，以防止動物發生應激和機體抵抗力下降，從而誘發其他疾病。
　　
防止影響免疫反應
　　
　　某些抗菌藥（如慶大霉素、金霉素）等具有免疫抑制作用，因此在畜禽免疫接種期間，應盡量不用上述有免疫抑制作用的抗菌藥。此外，抗菌藥對活菌苗（如豬丹毒弱毒疫苗、子豬副傷寒弱毒菌苗、禽霍亂弱毒苗）等有抑制或殺滅作用，影響抗體產生，故在進行活菌苗免疫接種的前后數天內，最好不要使用抗生素及化學合成抗菌藥。
　　
綜合治療
　　
　　在使用抗菌藥物進行對因治療的同時，要注意采取綜合性防治措施，如加強飼養管理，增強機體的抵抗力，采取適當必要的對癥治療，嚴格的消毒衛生工作，糾正電解質和酸堿平衡等，以提高藥物治療效果。
　　
足夠的休藥期
　　
　　為了保障人們的身體健康和促進外貿出口，應嚴格控制獸藥在畜禽體內的殘留。臨床用藥時，盡量選擇殘留期短的藥物，并根據藥物在動物體內殘留特性，在屠宰前要有足夠的時間停藥，以免獸藥殘留污染動物性食品。如敵菌凈(二甲氧芐氨嘧啶)，豬禽混飼給藥時，須在屠宰前10天停藥。