在養殖過程中，任何一個環節都有可能產生病死或者死因不明的禽畜，但只要嚴格按照相關法律法規做好病死禽畜的無害化處理，減少對生態環境的污染，就能促進養殖業的健康與持續發展。而對病死禽畜的無害化處理方法有多種，一般較常用的有以下幾種：

深埋處理

首先要選擇合適的深埋場。場地一定要選在遠離居民生活區、禽畜養殖區、水體和水源的地方，地質穩定，且在居民生活區的下風處，在生活取水點的下游，避開雨水匯集地，方便病死禽畜運輸和消毒殺菌。

其次，一定要挖深坑。對大批量處理的病死禽畜，覆土后病死禽畜離地面至少要有三米深；個別處理的病死禽畜，覆土后病死禽畜也要離地面至少一米深，且要保證病死禽畜不被野狗等動物扒出來。

再其次，一定要做好消毒殺菌處理。深坑一定要鋪放大量的生石灰、燒堿等消毒劑，然后放一層病死禽畜撒一層生石灰，最后再覆土。覆土后，再對掩埋地周邊噴灑消毒劑。

焚燒處理

焚燒處理一般為畜牧類養殖采用（如豬、牛、羊等），如果養殖場周圍有采用焚燒爐的垃圾處理場，則可以把病死禽畜集中運輸到垃圾處理廠，用專業的焚燒爐進行焚燒。這種方法比較適合大規模養殖場等企業無害化處理病死禽畜。

對于附近無垃圾焚燒廠的養殖場或小規模養殖戶，則可自行建造小型焚燒爐，配合利用沼氣、木柴等生態燃料對病死禽畜進行焚燒，但須配套安裝爐蓋與廢氣導管，并在廢氣排出口安裝簡易的噴淋裝置，以作凈化廢氣用。另外，焚燒爐要建在遠離水源和居民生活區的空曠地，且要在居民生活區的下風處。

自然分解處理

自然分解法就是建造一個容積大的帶密封蓋的水泥池井，池底需鋪水泥硬化，把病死禽畜投進池井里，再用蓋子封緊井口，讓病死禽畜的尸體自然分解。如果是疫病引起的病死禽畜，最好混合生石灰一起投池井內。

分解池的建造也要遠離水源和居民生活區，雖然前期投入的成本比較高，但利用自然分解是無害化處理病死禽畜最環保節能的方法，處理能力也比較好，適合大量集中處理病死禽畜。