剛產出的鴨蛋外殼上有１００—３００個細菌，１小時后達到５０００—６０００個，尤其在高溫季節細菌繁殖快，容易經蛋殼上的氣孔進入蛋內，造成污染，如不消毒勢必影響孵化。消毒方法可選用０·０２％高錳酸鉀或５％新潔爾滅溶液，用４０℃左右的溫水配制洗滌種蛋，晾后入孵，消毒液要經常更換，現配現用，也可選用福爾馬林熏蒸消毒，每立方米用福爾馬林２８毫升，高錳酸鉀１４克，熏蒸２０分鐘，然后打開門窗，盡快將氣體排除。

2、及時入孵或合理保存種蛋。

南方地區６—９月份平均氣溫在２７℃以上，當溫度高于２３·９℃時種蛋胚胎就會發育緩慢，甚至衰老死亡。不能及時入孵的種蛋應存放在種蛋貯藏室，有自動控制溫度、濕度與通風的設備，以及有翻蛋裝置。貯藏溫度在１０—１５ ℃。

3、適當調低機內溫度。

一般０—３天胚齡３７·８℃，４—７天胚齡３７·５℃，８—１４天胚齡３７·６℃，１５—２０天胚齡３７·５℃，２１—２５天胚齡３７·２℃。２６天胚齡上攤床。

4、適當增加涼蛋和噴水的次數和時間。

從第８天胚齡起每天噴水一次，１２天胚齡起每天噴水二次，從第１６天胚齡起每天噴水三次，直到上攤孵化。５天胚齡以后每天早、晚各涼蛋一次，每次約２０—２５分鐘，使蛋殼溫度下降到３２℃左右，然后開機孵化。

5、嚴防超溫孵化。

由于目前大多數孵化場并未安裝空調，高溫季節室溫常達３０℃以上，所以種蛋胚胎發育到１６—１７天胚齡后，由于胚胎自身產生熱量，容易超溫，即使孵化機內發熱裝置長期處于斷熱及通風孔全部打開，仍無法把胚胎發育的代謝熱全部排出，這種情況下就應把前后機門打開一條約幾厘米的縫隙，以加速排熱，這樣可以防止超溫。