培養微藻，首先要從天然海水中分離出所需要的“單種”或“克隆”，如果在培養過程中，一旦發生雜藻污染或遭到蟲害。必須重新進行藻種的分離，以保證藻種具備“單種”或“克降”的特性。
　　微藻培養者根據各自的經驗和習慣，創造了各式各樣的藻種分離篩選方法，已有十幾種之多。最常用的方法是微細吸管法、小水滴法和瓊脂平板法。
　　微細吸管法最常用，是取得“單種”或“克隆”的最可靠的方法之一。但操作技術要求高，在顯微鏡下，先用豬眼瞼毛做成的解剖針，將水滴中雜物和不需要的藻細胞，撥向一邊，將所需的藻細胞撥向另一邊；對于有趨光性的鞭毛藻，可在一側投入光線，則所要選的鞭毛藻游向有光一側，雜質留在原處，這樣用玻璃微細吸管吸取所需的藻細胞就比較容易，另外，對個體較大的種類，可在雙筒解剖鏡下操作，將微細吸管內的藻細胞輕輕吹入淺凹栽玻片上或栽玻片上的水滴中，為達到純培養，微藻細胞最好經數次洗滌，即吹入另一滴之后，再吸出吹入另一滴滅菌培養液水滴中，反復稱出洗滌幾次，最后經鏡檢確認水滴中是要篩選的一個藻細胞之后，再接種試管中，或將含有藻細胞的一段毛細管用消毒鑷子夾斷，放入接種試管中。
　　小水滴法比較方便易行，先將24乘24毫米的蓋玻片，用割針劑安瓿的小砂輪分割成8乘8毫米的9小塊，洗凈晾干，裝在培養皿中，干燥滅菌，把這些小塊玻片排列在滅菌的栽玻片上，在每塊小玻片上，滴一小滴含有微藻的水樣，水滴的大小，以在顯微鏡低倍鏡下能看清水滴的全部或大部分，稍稍移動顯微鏡的栽物臺，就能看清整個小水滴為度，發現小水滴中只有一個所要分離的藻細胞，無其他生物混雜時，就可用消毒鑷子，將該玻片夾起來，放進裝有培養液的小試管中進行培養。如果不是為了得到“克隆”，水滴中只要是同一種藻細胞，2-3個細胞成鏈也行，這樣更易使所需要的藻類迅速生長繁殖起來。
　　瓊脂平板法對分離能運動的羽紋硅藻類、鞭毛型綠藻類最為適宜，方法易于掌握。這又可分為劃線接種法、噴霧接種法和小水滴擴散法。現僅舉小水滴擴散法為例。在制成的1-1.5%瓊脂，加熱攪拌，稍冷后分裝于培養皿中，厚3-5毫米，經高壓滅菌，放冷）上，稀疏地滴上一些水樣小滴，放入培養箱中或北窗口下培養，當小淼貯存器的藻類隨水滴的擴散和藻類自身的運動，分散成單個個體，在某些方面平板的某一部位形成藻落，在顯微鏡下檢查確認后，用消毒過的玻璃微針取下所需藻落，放入試管中培養，反復幾次，就能得到純種培養物。