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水庫施肥能促進浮游植物生長，為鰱、鳙魚提供充足餌料。與農作物施肥相似，氮、磷、鉀必須適當搭配。氮肥以尿素、硫化銨、硝酸銨和碳銨為主，其中尿素含氮最高，而碳銨最便宜，且見效快、利用率高，效果很好。水庫因水面大、農家肥一般不能滿足魚類攝餌的需求，必須以施化肥為主，其見效快、成本低，投入產出比約為l:2。
養(yǎng)殖前期，由于水體含鉀量較多，可只施氨、磷肥。尿素和過磷酸鈣的施用比例為l:2。若施用碳銨，則與其過磷酸鈣的比例應為2:1。養(yǎng)殖中后期應施一定比例的鉀肥，碳銨、過磷酸鈣和氯化鉀的百分比為70:22:8。
水庫施肥必須先施磷肥、后施氨肥，次序既不能顛倒，也不能同時進行，以防產生無肥效、反而有毒的偏磷酸；也不能施用顆粒或粉狀原肥，以防魚類誤食中毒，應將其溶化并稀釋后，選擇光照條件好的水面用噴霧器均勻噴灑。氣候正常時溢洪道進口不宜施肥，暴雨時期大量溢洪時停止施肥。施肥時間、數量與水溫關系密切，光照好、水溫20℃以上時，浮游植物生長快，施肥后7－10天即被充分利用，所以6－9月應每隔7－10天施化肥一次，時間選擇睛天上午的8－10時，陰雨天不宜施用，而6月以前及9月下旬至10月應每隔10－15天施一次，時間和施用量應視水質和水溫而定，每次施肥3－3.5kg為宜，透明度保持40cm以上。
