在自然生態條件下，黃鱔具有極強的生命力和抗病力，而人工養殖條件下，由于飼養密度增大，易引發病害。黃鱔發病初期很難觀察到，一旦病癥明顯已經很難治愈了，因此，鱔魚養殖要堅持預防為主、防治結合。

1.梅花斑病。初期于傷口或弱鱔肛門附近等出現小紅斑，繼而擴大成豆粒大小的圓形或橢圓形斑，嚴重時尾部全部爛掉，漂浮水面而死。防治方法：經常在鱔魚池內放幾只癩蛤蟆，利用其身上所分泌的毒汁，可有效殺死病菌。

2.發燒病。高密度飼養情況下，黃鱔分泌粘液的速度加快，若換水不及時或換水有死角時，就會因粘液發酵而釋放高熱，引起黃鱔體溫升高。病鱔相互纏繞翻滾，體表粘液脫落，頭部腫脹、焦燥。防治方法：減少放養密度，池內增投部分泥鰍，利用泥鰍吃掉剩餌，又可利用它上下翻滾，減少黃鱔纏繞。另外，還要注意換水。

3.膚霉病。此病是由于放養密度過大和餌料不足而引起黃鱔互相殘殺導致的，病鱔身上有綿霉狀菌絲，體質瘦弱，很少攝食，終致衰竭而死。防治方法：用占池水重量萬分之四的食鹽和小蘇打 （各占1/2拌勻），加水溶化后，潑灑全池。

4.毛細線蟲病。黃鱔患此病較普遍，主要是由毛細線蟲體寄生于腸壁粘膜層，破壞腸壁組織，引起腸壁炎癥。病鱔體質瘦弱，食欲大減，嚴重時黃鱔常常掙扎竄跳。防治方法：每百公斤黃鱔用90％晶體敵百蟲10克，拌入豆餅3公斤，制成藥丸投喂，連續投喂3~5天即可。

5.缺氧癥。此癥多發生于高溫天氣，由于鱔池中溫度較高，耗氧較多，導致鱔池缺氧，同時，因水面高溫，黃鱔無法探頭呼吸空氣，導致黃鱔頻繁探頭于洞外，造成肌體呼吸功能紊亂，最終衰竭死亡。預防方法：經常巡池，抽查鱔體、鱔池水質，一旦發病，立即換水，并配合底泥加強增氧措施。