一、慎重處理單胞藻培養用水
　　作為生產性藻種培養用水，必須要經過煮沸滅菌，冷卻至室溫后再使用，在冷卻過程中必須加蓋，無蓋的容器可用清潔的白紙蓋在瓶口。而二、三級藻類的培養用水可用化學方法來消毒，即在已經清洗過的池子中，放入經過沙濾或用脫脂棉過濾處理后的海水，再在池內海水中放入若干量的漂白粉，使池內海水中有效氯的含量為20～30毫克／升，充分攪拌均勻后經過8～10個小時的消毒，再進行強充氣，一般曝氣10小時左右，再加入等當量的硫代硫酸鈉，來中和水體中可能殘留的有效氯，并經測定水體中無殘余有效氯后即可使用。
　　經過處理后的海水最好能在短時間內用完，盡量不要超過一天，以防止再次被污染。
　　二、容量和工具的消毒
　　作為藻種級培養用的三角燒瓶等容器，必須用加熱法或煮沸消毒法殺菌。作為生產性擴大培養用的玻璃瓶、水泥池等，通常用300～400毫克／升的高錳酸鉀溶液或者含有效氯200～300毫克／升的漂白粉水溶液來浸泡消毒，具體的做法是：先用淡水或普通海水把容器或藻類池沖洗干凈，再把容器或工具放入已配制好的高錳酸鉀溶液(或漂白粉溶液)中浸泡5～10分鐘，取出后用消毒過的海水沖洗干凈即可使用。對藻類池的消毒，可用配制好的高錳酸鉀溶液(或漂白粉溶液)由池壁頂部淋灑下來，并潑灑池底，過10分鐘左右用消毒過的海水沖洗干凈即可使用。
　　三、加大各級培養中的接種比例
　　一般藻種級培養接入的藻種與新培養液的比例為1∶0.5～1，中間培養或大面積培養，它們的比例為1∶3～6，這樣藻液中可繁殖的單胞藻個數多，培養液中藻類增長速度快，縮短了培養時間，相對減少了污染。另一方面也利用了生物間的拮抗作用，增大了培養液中藻種的濃度，來抑制其他雜藻及敵害生物的繁殖，減少藻液被污染的可能性。
　　四、接種時間
　　接種時間一般選擇在上午8：00~10：00之間進行，不宜在晚上接種，因為晚上不少藻類沉在底部，而白天藻類進行光合作用，趨光上浮，便于觀察其運動能力，還可起到選種的作用。
　　五、日常管理中應注意攪拌
　　攪拌可促進藻類的生長繁殖，其作用主要是：
　　第一，通過攪拌增加水和空氣的接觸面，以補充由于藻類光合作用對二氧化碳的消耗；
　　第二，幫助沉淀的藻類細胞上浮而獲得光照；
　　第三，防止水表面產生菌膜。攪拌要定時進行，且時常更換方向，以免造成漩渦式水流。同時攪拌不要太猛，防止藻液濺出。
　　光照調節光照適合與否，對培養藻類的生長關系很大，目前生產單位都是利用自然光培養，但易變，所以，在培養管理中，必須根據天氣情況，調節光照強弱，力求光照強度盡可能適合于培養藻類的要求。晴天藻類室用白色的確良布作布簾遮光，防止直射強光照射；雨天光照最差，要把培養瓶盡量靠近窗口，有條件的可利用人工光源照射。
　　溫度調節每一種藻類都有其適應溫度范圍和最適溫度范圍，但目前絕大多數單胞藻的培養還不具備控溫條件，只能順從自然溫度的變化，在不同季節選擇能適應或基本適應當地溫度變化條件的培養種。
　　一般高溫對藻類生長不利，在夏天進行室內培養須把門窗打開通風降溫。
　　六、敵害防治
　　在單胞藻的培養中，敵害生物的污染和危害是造成藻類培養失敗的主要原因。對敵害生物應“以防為主，防治結合”，盡可能減少其危害。預防措施預防應貫穿在藻類培養過程的各個環節。
　　首先，力求藻種及營養鹽的純度，控制源頭污染；
　　其次，海水須經嚴格過濾消毒，器具及藻類培養池也需嚴格消毒，同時加大接種比例，抑制其他雜藻及敵害生物的繁殖，減少藻液被污染的可能性；
　　再則，在日常管理中，保持藻類室的干凈衛生，以防灰塵及昆蟲等的污染。
　　消除、抑制或殺滅敵害生物方法：
　　一是使用過濾方法清除大型敵害生物。單胞藻都很小，對污染的大型敵害生物(如輪蟲等)，可以用過濾方法清除。通常清除輪蟲可用網孔小于60微米的篩絹過濾，經一次過濾可以清除輪蟲的成體，而輪蟲卵和正在發育的幼小個體不能完全清除，所以必須連續過濾3天，每天1次。待第一次過濾后存留下來的卵和幼小個體發育成長為成體后，在第二次或第三次過濾時清除掉。
　　二是使用藥物抑制或殺滅敵害生物。用于抑制或殺滅敵害生物的藥物，有化學藥品和中草藥兩大類。但往往由于敵害生物對藥物的抵抗力比培養藻類強，效果不理想。目前，有效的藥物方法還不多，藥物殺滅敵害生物雖然取得一些初步效果，但還需進一步試驗。
　　三是改變環境條件殺滅敵害生物。使用此法必須了解培養的藻類和敵害生物對生態因子的適應范圍，然后根據具體情況，改變某一環境因素，達到殺滅敵害生物而又保存培養藻類的目的。