秋季，石榴樹往往會萌發許多二、三次新梢，從而使樹冠枝條密集，造成通風透光不良，引起果實增大慢、著色不良，也影響內膛葉叢枝和短枝形成花芽。因此，加強秋季修剪顯得尤為重要。

1、疏枝。剪除密生、徒長、有病蟲的萌枝、萌蘗。要求疏枝后樹冠下光斑均勻分布于地面上，保證果實直接見光，使內膛葉叢枝及短枝見光充足，形成花芽快。對剪下的病蟲果枝深埋或焚燒。建議在修剪口涂愈傷防腐膜，以助傷口愈合。

2、剪根。石榴樹衰老的表現特征之一是根系老化衰亡，因此根據石榴樹結果情況，逐年進行根系修剪是十分必要的。結合擴穴翻施有機肥，在樹冠外圍挖環狀或平行溝，有利于根系再生和擴大。建議在剪根后覆土時，在根上噴施新高脂膜，以驅避地下蟲害，給樹體保溫。