瓜類蔬菜許多都是異花授粉作物，不同品種容易雜交，在留種時要嚴格做好隔離工作。那么，在留種時各種瓜菜究竟留哪一個瓜好呢？

　　黃瓜黃瓜植株上不同部位所留種瓜后代早熟性各不相同。第2個和第3個瓜的早熟性不如第1個瓜，但結第1個瓜時氣溫低，往往授粉不好，種子小而少，要進行人工授粉來提高種子的數量和質量。第2個瓜和第3個瓜的種子既飽滿又多，因此，以早熟為選種目標應留第1個瓜做種，一般大田用種可選留第2個或第3個瓜做種。

　　冬瓜冬瓜留種，早熟品種和中晚熟品種有所不同。早熟品種要留第1個瓜，目的是為了保持其早熟性。中晚熟品種要留第2個瓜，每株只留1個，植株上的其他雌花和幼果全部摘除。種瓜成熟后，可放室內后熟1—2個月。

　　絲瓜絲瓜留種應留根瓜，因根瓜結果早，生長時間長，種子飽滿，后代結瓜也早。但長形絲瓜若留根瓜做種瓜，因種瓜過長，常易拖在地面發生腐爛，所以應留瓜藤上架處所結的瓜做種瓜，瓜形以兩端一樣粗的細長絲瓜為好。種瓜留到皮變褐色，硬化干枯后采收，放室內后熟。

　　苦瓜苦瓜留植株基部果形端正、具有本品種特征特性的瓜做種。果實頂端變紅時采收，取出種子，洗凈曬干。

　　瓠瓜瓠瓜留種應選抗病性強的第2個瓜，要及早采收第1個瓜，并將其余的幼瓜和雌花全部摘去。每株只留1個種瓜，待果皮堅硬，變成黃褐色便可采收。