與其它蘑菇不同，銀耳各級菌種的生產是雙菌培養，即不管制作母種、原種或種植種，在每支試管、每個菌種瓶、每個種植袋（甚至每個接種穴）中都必須讓銀耳菌絲（雙核菌絲，又稱白毛團或芽孢狀菌種）和伴生菌香灰菌絲在培養基（料）中按比例、協調地生長，才能培養出有實用價值的，可以用于實際種植的有效菌種。

    為了保證銀耳生產上用的菌種之質量，科研人員首先把銀耳雙核菌絲"白毛團"、酵母狀分生孢子"芽孢"、香灰菌絲（又稱羽毛狀菌絲、耳友菌絲）分別單獨分開培養，分開保藏。只有到了制種季節才把兩種純菌種搭配起來，進行混合培養，制成生產上用的各級母種、原種或種植種供各地菌種場或種植者使用。由此可以知道，研究單位保藏的銀耳菌種和生產單位使用的菌種是不同的。研究所用的銀耳菌種，可以說是一種始祖菌種，是社會上一切生產種的老祖宗，育種學家們稱之"原原種",是單一菌種的純培養物。這些純菌種供育種、研究專用，一般不對外供應。而社會生產用的銀耳母種、原種和種植種則是雙菌培養物，即把銀耳菌絲或芽孢與香灰菌絲（子囊菌）同時接種在培養基中進行混合培養。這樣的菌種一般只使用一次。否則在轉管時容易人為地把雙菌分開，使培養物中銀耳菌絲逐漸減少，絕大部分剩下香灰菌絲而致使銀耳種植失敗。下面介紹銀耳菌種的分離、制備及保藏技術：

    ㈠ 分離技術 獲得銀耳菌種的方法主要有擔孢子彈射分離法、組織分離法和耳木分離法。

    1.孢子彈射法 這是利用新鮮的、成熟的子實體自動彈射出擔孢子來獲得純菌種的方法。取朵大、色白、無病蟲害的新鮮銀耳作為種耳。

    用無菌水漂洗銀耳數次，再用無菌紗布或吸水紙，把銀耳表面

    的水分吸干。因為耳片表面若有薄水層，便會影響銀耳擔孢子的彈射，并容易污染上雜菌。再把種耳切一小塊，以放入三角瓶或放入試管中不會碰到瓶壁或管壁為度，隨后用不銹鋼小鉤鉤住小耳片，迅速懸掛在三角瓶或試管內，同時注意勿使種耳碰到培養基表面，以防污染雜菌，塞上棉塞，然后放在20-25℃條件下，經24小時，從耳片上彈射出來的擔孢子，落在光滑的培養基表面上形成一個霧狀的孢子印。此時，在無菌箱或無菌室中，將懸于瓶內的耳片取出，再塞上棉塞，移到20-25℃的室中培養，經2-3天，培養基表面就會出現許多乳白色、糊狀的小菌落。此系銀耳的酵母狀分生孢子。當培養基上出現酵母狀分生孢子的菌落時，為了防止和減少污染，應盡快地進行提純，即挑取少許沒有雜菌的銀耳酵母狀分生孢子，移入新的試管中進行培養。不管銀耳擔孢子或酵母狀分生孢子都不容易萌發成菌絲，所以直接用于生產時有困難，目前已較少采用。不過，為了獲得銀耳有性繁殖的后代，必須采用擔孢子分離法，并使之萌發成單核菌絲，然后進行配對實驗。

    2.組織分離法 和香菇、平菇不同，銀耳組織分離法比較難操作，實用意義也不大。因為耳片一旦膠質化之后，就不容易再長出菌

    絲，況且段木種植的或野生的銀耳，暴露在外界的

    生長時間很長，耳片上必定會附著各種雜菌，組織分離時既不容易把附著的雜菌洗掉，又不容易用藥品進行表面的滅菌處理，且容易導致銀耳和條菌同歸于盡。只有位于樹皮和木質部之間的肥厚的耳基比較容易進行組織分離，可以獲得銀耳的純菌絲。不過用耳基分離來的銀耳純菌絲常是鵝黃色的或橙黃色的，不是純白的，菌絲生長的速度也比較慢，效果也不太理想。

    3.耳木分離法 利用長了銀耳子實體的段木（簡稱耳木）來進行分離，是目前獲得有實用價值的銀耳菌種最主要的方法。

    耳木分離法的主要技術是排除耳木中雜菌的干擾，防止分離時污染雜菌，必須把銀耳菌絲和香灰菌絲單獨分離出來。對初學者來說，耳木分離法是不容易掌握的，必須反復練習，直到掌握分離的要領。耳木分離法的主要步驟如下：

    （1）耳木選擇 在長第一、二批銀耳時，取長耳最多，質量最好（尤其是片寬、色白）,雜菌最少的耳木一小段，作為分離材料。分離材料經風干，并用熏蒸劑驅蟲（特別是螨）后，移入無菌箱或無菌室中進行分離。

    （2）耳木滅菌 先把耳木鋸成2-4cm厚的木輪，然后去掉樹皮、耳基，放入接種箱（室）中，耳木表面用0.1%升汞水或70%酒精揩擦滅菌。技術熟練者也可以不經表面滅菌，就進行分離。

    （3）耳木取種 通過耳基著生處把耳木縱切成兩瓣。然后，在耳基著生處的正下方木材內部剃取極小的木屑粉末（不能用小木片，接種塊越小，得到銀耳純菌種的機會越大，接種塊越大得到香灰菌絲，或香灰菌絲夾雜一點銀耳菌絲的機會越多）,接種在試管中的培養基表面。接種后，把試管放在20-28℃的室溫下培養，數天之后接種塊的周圍就開始長出菌絲來。

    （4）分離結果 由于分離的技巧不同，分離的結果也不一樣。大致可以得到如下幾種結果：

    只得到銀耳菌絲；只得到香灰菌絲；同時得到銀耳菌絲和香灰菌絲，但香灰菌絲占絕對多數；得到銀耳酵母狀分生孢子和香灰菌絲。如果有雜菌干擾，分離的結果就更復雜了。

    為了獲得有生產價值的銀耳菌種，在分離后的第3-7天內要天天觀察，把銀耳菌絲和香灰菌絲單獨分離出來。

    銀耳菌絲的特征： 白色、淡黃白色以及由白色至黃色之間的各種中間色，氣生菌絲直立、斜立或平貼于培養基表面，基內菌絲生于培養基里面。菌絲直徑l.5-3微米，有橫隔膜，有明顯的（但不是每個橫隔膜上都有）鎖狀聯合，生長速度比一般蘑菇緩慢。在某些情況下，在培養基表面會出現纏結的菌絲團，并逐漸膠質化，變成小原基，長出小耳片。當雙核菌絲開始膠質化時，在菌絲頂端可以發現有若干擔子樣的膨大細胞，這意味著雙核菌絲已進入結實階段。雙核菌絲繼代（移植）后或繼續長出新的菌絲，或迅速膠質化，長出耳片，也可以變成粘糊糊的酵母狀分生孢子（取決于菌株的菌齡、發育程度、培養基表面的水層，接種針熱或冷，接種時手勢輕或重等刺激）.由雙核菌絲斷裂成的"酵母狀分生孢子"在適宜條件下變成銀耳菌絲。

    香灰菌絲的特征： 菌絲初無色，大量生長時白色，羽毛狀， 常有特別細長的主干和側生的略呈"羽毛狀"的分枝，老菌絲變淡黃色，淡棕色，培養基逐漸由淡褐色變為黑色或黑帶綠色。培養基表面的氣生菌絲灰白色，細絨狀，有時有碳漬的黑疤，分生孢子梗近掃帚狀，分生孢子少見。若用木屑培養基，破瓶后可發生黃綠色至草綠色的近橢圓形的分生孢子。在段木表面可以產生扁平黑色的子座。已知香灰菌可能不是單一個物種，可能隸屬于碳團屬和碳豆屬。有3-4種，其中有一種經鑒定初步認為是阿切爾碳團（Hypoxylon archeri）.