1、高溫燒菌  當培養料內的溫度長時間超過45℃時，就會使菌絲萎縮死亡。

2、藥物影響  草菇對農藥十分敏感，播種后，菇農為了防病殺蟲噴灑了農藥，致使菌絲因藥害而萎縮。

3、缺氧窒息  培養料含水量過高（超過70％），或塑料薄膜覆蓋過嚴，使草菇菌絲因缺氧窒息而萎縮。

4、氨氣危害  培養料內尿素添加過量，或田內化肥含量高，揮發出來的氨氣分發不了，即對草菇菌絲造成損害。

5、菌種拙劣  菌種的菌齡太短或太長，生長減弱，抗逆性差，在環境條件不適宜的情況下即萎縮。

6、溫差過大  草菇的菌絲對溫差較敏感。如白天氣溫在32℃以上，夜間在28℃以下，噴重水后，即會發生菌絲萎縮。

7、發生害蟲  培養料中發生害蟲，因為害蟲的咬食危害，致使菌絲萎縮。