番茄較耐寒，一般經浸種催芽后都能出苗。但有時播后溫度較低，苗畦內較冷，種子可能暫時不出芽，待天氣好轉后仍能發芽。不發芽現象主要是長期低溫，或播種時苗畦過干，沒澆透水，噴水不足，水分被下部干土吸掉，形成“擱干”現象。一般播后7-8天不發芽就應找原因進行及時補救。

凍害  主要是番茄幼苗受到0℃以下低溫影響，引起局部干枯或死亡現象。預防辦法：1.留意天氣預報，冷空氣來時，晚上在小拱棚上加蓋稻草防寒保溫，白天揭開稻草利于透光升溫。2.培育壯苗和煉苗。

閃苗  “閃苗”是由于環境條件突然改變而造成的葉片凋萎、干枯現象。這種現象在整個苗期都可發生。避免“閃苗”首先要培育壯苗，幼苗經常通風，葉片厚實、濃綠，一般不會出現“閃苗”現象。如果幼苗出現凋萎，要立即把覆蓋物蓋好，短時凋萎還能恢復，這樣反復揭蓋幾次使幼苗適應露地氣候，再撤覆蓋物。

幼苗猝倒或死亡  番茄在育苗過程中經常出現猝倒或死亡現象,發病多在小苗2~3片真葉時。引起幼苗腐爛和死亡的有早疫病、灰霉病和菌核病等，蟲咬斷死亡的是地老虎危害。預防辦法：1.播種前將適量百菌清或瑞毒霉等殺菌劑和米樂爾或樂斯本殺蟲劑施于苗畦或營養土中；2.保持畦內適度干燥。畦面半干半濕，空氣濕度較低，幼苗不徒長，根系發達，一般不會死苗和倒苗。