所謂黃瓜根系生理性死亡是指黃瓜側根及毛細根量明顯減少，根系木質部變褐或腐爛，明顯死亡的根系經過一段時間恢復還能生出側根。黃瓜根系在整個生育周期內兩次明顯的生理性死亡。

第一次生理性死亡是在開花后15~20天至第一果實收獲時。此期，植株養分開始向生殖生長供應，由于果實截留了部分營養，使得根系不適應這種變化，因而植株側根及毛細根發生量有所減少，后期管理不當可導致部分根系變褐或腐爛。生產上可以采取如下預防措施：根瓜采收前促根促秧讓植株平衡生長；根瓜及早采摘，以免墜秧；根瓜采收前后加強肥水管理。

第二次生理性死亡約在腰瓜采摘中后期，即植株生長期達100天左右時開始。植株經過前期旺盛結果，此時開始步人生長后期，根系開始逐漸衰退，根量明顯減少，上部葉片顏色變淺，龍頭伸長速度減慢，莖細弱，植株生長明顯減緩。如若管理不當，將嚴重影響后期產量，使植株提早拉秧。生產上可以采取如下預防措施：

①增施有機肥，改善土壤的團粒結構，為根系的生長提供良好的條件。

②保護地生產應中耕，疏松土壤，增加土壤中的含氧量，促進根系再生。

③調節植株營養生長與生殖生長的關系，栽培上此期不可以讓植株墜大瓜，瓜條長成即采收，必要時可進行適當疏瓜。

④加強植株營養及病蟲害防治，及時進行葉面追肥，快速補充植株營養。葉面追肥可隨病蟲害防治同時進行，7~10天1次，可選用氨基酸葉面肥、糖醋液（糖1份，尿素1份，磷酸二氫鉀1份，醋2份）50~100倍液。待新根大量發生，再逐漸轉入正常管理。

⑤噴施生長素，促進新根快發，可用0.1%萘乙酸水劑600~800倍液噴霧1次。

⑥水分管理上以見干見濕為宜。