近年來保護地西葫蘆種植面積逐年擴大，由于連年重茬栽培，病菌數量逐年積累，土壤養分比例失調，加上管理不當、防治不力等原因，植株死亡現象日趨嚴重。其中，造成西葫蘆植株死亡的侵染性病害主要是枯萎病、蔓枯病、灰霉病、軟腐病、疫病和黑星病，病菌從自然孔口或傷口侵入，借風雨、灌溉水或農事操作傳播，適溫高濕條件下連作田塊發病重。采取選用抗病品種、消毒滅菌、嫁接換根、科學管理等措施，再輔之藥劑處理，可以實現無公害生產。

選用抗病品種 目前適合保護地栽培的西葫蘆品種較多，如早青一代、奇山2號、美國碧玉、京葫2號等，其中奇山2號、美國碧玉較抗軟腐病。各地應根據發病種類及特點選擇適當的抗病品種。

消毒滅菌 播前用55℃溫水燙種15分鐘，或用多菌靈拌種。整地前每畝用生石灰100公斤或高錳酸鉀2～2.5公斤對土壤消毒。定植前2～3天，每畝用硫磺粉1～1.5公斤、鋸末2.5～3公斤混合，分放5～6處點燃，密閉棚室一夜。

增施有機肥 增施有機肥可以改善土壤理化性狀，提高土壤肥力，使植株生長健壯，增強抗病能力。有機肥必須充分腐熟，肥與土混合均勻，用量不能過大，以免引起燒根。

嫁接防病 利用南瓜等砧木耐低溫、根系發達、下胚軸生長良好及植株生長旺盛的特點，通過靠接或插接的方法，使嫁接后的植株根系發達，耐低溫能力增強，提高抗病能力。

清潔田園及棚膜 及時摘除病葉、病花、病果等發病組織，發現中心病株及時拔除，帶出田外集中深埋或銷毀。摘除病變部位時，最好先用塑料袋套住發病部位，使病部落入袋中，防止病菌傳播。及時清潔大棚膜，增加透光性，增強植株生長勢，提高植株抗病能力。農事操作過程中盡量避免造成傷口，以免病菌侵入。

調節棚室溫濕度 推廣高畦地膜覆蓋和膜下滴灌技術，適時適量澆水。上午棚內盡量保持較高溫度，以抑制病菌產生孢子，并使棚內露水霧化蒸發；下午加大放風量，降低棚內濕度；夜間適當提高棚溫，避免或減少葉面結露。

藥劑防治 枯萎病發病初期，可用農抗120 2％嘧啶核苷類抗菌素水劑150～200倍液或高錳酸鉀500～600倍液灌根，每株灌藥液250毫升；也可以用75％敵磺鈉可濕性粉劑150倍液涂抹病部。蔓枯病發病初期，可用70%甲基硫菌靈可濕性粉劑500～600倍液，或福星40％氟硅唑乳油800～1000倍液，或50％醚菌酯水分散粒劑3000倍液噴霧；也可以將上述藥劑稀釋50倍涂抹病部。灰霉病發病初期，可以每畝棚室用10％腐霉利煙劑200～300克或45％百菌清煙劑200～250克，分放4～5處閉棚熏煙，每隔7～10天一次，連續防治2～3次；或者用50%腐霉利可濕性粉劑1500～2000倍液，或50%異菌脲可濕性粉劑1500～1800倍液噴霧防治。軟腐病發病初期，可用50％琥膠肥酸銅可濕性粉劑500倍液，或14％絡氨銅水劑300倍液，或加瑞農47%春雷·王銅可濕性粉劑700倍液噴霧，每隔7～10天一次，連續防治2～3次。預防疫病，可用25％甲霜靈可濕性粉劑或克露72%霜脲·錳鋅可濕性粉劑配制藥土撒于瓜根周圍；發病初期可用殺毒礬64% 霉·錳鋅可濕性粉劑500～600倍液噴霧，或用14％絡氨銅水劑300倍液澆灌，每隔5～7天一次，連續防治3～4次。黑星病發病初期，可以用45％百菌清煙劑熏蒸，或者用50％異菌脲可濕性粉劑1500倍液或福星40％氟硅唑乳油8000倍液噴霧，每隔7～10天一次，連續防治2～4次。