1、番茄晚疫病（又稱疫病）。選用抗病品種，合理輪作；控制溫濕度，不可大水漫灌，及時通風排濕，降低空氣濕度；及時整枝、打杈、摘除下部老葉，改善光照條件。若發現病株，立即拔除，并用藥劑防治，每667平方米用45%百菌清煙劑熏蒸或5%百菌清粉塵劑1千克噴撒，或用75%百菌清可濕性粉劑500倍液，或72%杜邦克露500倍液，每7天噴一次，連噴3—4次。

2、番茄病毒病。用磷酸三鈉純化種子帶的病毒；加強田間管理，避免田間干濕不均；均衡施肥，培育健壯植株；及時防治蚜蟲等蟲害，降低傳染程度。幼苗定植時，噴弱病毒誘劑或接種弱毒疫苗，或1.5%植病靈乳劑1000倍液，或20%病毒A可濕性粉劑500倍液進行預防。發病初期，噴高猛酸鉀1000倍液防治。

3、番茄灰霉病。選用無菌土配制營養土，床面用50%多菌靈500倍液消毒；加強通風管理，降低空氣濕度，防止葉處結露；空氣濕度應保持在80%以下，避免陰天澆水或澆水后遇連陰天；清潔田園，及時摘除病果、病葉。定植前，用50%速克靈1500倍液或50%多菌靈500倍噴淋幼苗，防患于未然。

4、番茄早疫病（又稱輪紋病）。進行種子處理，輪作倒茬，合理密植，加強田間管理，適量澆水，及時通風排濕；增施磷鉀肥，提高植株抗性，及時清除病果、病葉。每667平方米可用45%百菌清或10%速克靈煙劑200—250克熏蒸；或用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，甲基托布津800倍液，50%速克靈1000倍液噴霧防治，每7天噴1次，連噴3—4次。