冬瓜摘后要及時進行儲藏，貯藏地點應選擇陰涼、通風和干燥的房間。貯藏室要在冬瓜入室前2～3天用高錳酸鉀和福爾馬林進行熏蒸消毒，并在地面和筐架上鋪好一層草墊。入室時擺瓜的方向一般要求和田間生長時的狀態一致，即原來是臥地生長的要平放，原來是搭棚直立生長的瓜柄要向上直立放。采用地面堆藏時，因瓜自身重，不宜堆得太高，以減少因相互擠壓而損傷。

冬瓜貯藏期間一般不要翻動，但要勤檢查，發現有病的瓜立即剔出。冬瓜適宜的貯溫為10℃～15℃，相對濕度為80%～85%。冬瓜貯藏前期含水量大，呼吸熱多，要加強通風散熱和排濕。如室溫高至30℃時要開排氣扇或空調以換氣降溫，無通風降溫沒備的可在陽光強烈的中午關窗遮陽，早晚開窗通風。貯藏室內的空氣要經常保持新鮮、干燥和涼爽。采用此法，冬瓜可延長儲藏時間。