無公害蔬菜種植過程中要掌握好施肥原則。施肥應以腐熟的廄肥、堆肥等有機肥為主，輔以礦質化學肥料，但應盡量限制化肥的使用，如確實需要，可以有限度、有選擇地施用部分化肥。禁止使用硝態氮肥，化肥必須與有機肥配合施用。化肥要深施、早施，深施可以減少氮肥的使用率，早施有利于植株早發快長，延長肥效，減輕硝酸鹽積累。

配方施肥是無公害蔬菜生產基地基本施肥技術。為降低污染，充分發揮肥效，應根據蔬菜營養生理特點、吸肥規律、土壤供肥性能及肥料效應，確定有機肥、氮、磷、鉀及微量元素肥料的適宜量和比例以及相應的施肥技術，做到對癥配方。