凍藏菠菜可分為普通凍藏和通風涼藏二種。

（1）普通凍藏法  選擇背蔭干燥處，沿東西向設陰障，在障北側的遮蔭范圍內挖一條或若干條溝，其規格因地區氣候條件而異，在北京地區溝深多為15厘米左右，寬度依菠菜把大小和擺放數量而定，一般為30厘米左右，然后在溝底鋪一層細沙，待氣溫穩定降至0℃以下，再將菠菜捆成把入為，隨即蓋一層細沙，隨著天氣的變冷，分期覆土，其覆土厚度和次數因地區氣候條件而定，北京地區多分為2～3次覆土，總厚度為17～20厘米，在嚴寒季節可在上面再加蓋草苫，保證溝內溫度為－6～8℃，使葉片結凍，但根部不結凍。

（2）通風溝凍藏法  此法基本上與普通凍藏法相同，其不同點是，溝深12～15厘米，寬100～200厘米，在溝底沿走向挖2～3條深、寬各20厘米的通風道，并在通風道上橫架單層秫秸，其上放菠菜，菠菜上再進行薄層覆蓋，以后再分期覆蓋，其覆土方法同普通凍藏法。溝內的通風道露出地面，初期應敞開，以利降溫，使菠菜凍結，以后隨天氣變冷逐步堵塞。開春后，地溫上升，再把通風道的草把子逐步移開。

凍藏的菠菜上市前從溝中起出來，放在菜窖或稍高于0℃的室內經3～5天自然解凍，完全恢復后，再整理出售。