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井岡霉素是防治小麥紋枯病的有效藥劑，但在小麥拔節孕穗期，田間麥株生長茂密，噴藥時藥液不容易噴到麥株基部，同時病害往往已侵染到小麥莖稈上，用藥防治效果會受到很大影響。防治小麥紋枯病，宜在小麥返青至拔節初期病害初發時及早用藥，到小麥生長中后期，應加足藥量和水量噴霧，噴勻噴透，以提高防治效果。
據江蘇省農科院植保所有關專家介紹，該所研制的紋曲寧（2.5%井·100億活芽孢/毫升枯草芽孢桿菌水劑，含井岡霉素2.5%，每毫升含100億枯草芽孢桿菌活芽孢），登記用于防治水稻紋枯病，對小麥紋枯病也有良好的防治效果。該所研制的蘇銳（33%多·酮可濕性粉劑），是多菌靈與三唑酮的復配劑，登記用于防治小麥紋枯病、白粉病、赤霉病，由于加有高質量的助劑，該藥對白粉病有良好的預防和治療效果，其中的三唑酮對紋枯病也有良好的治療效果，適期使用對紋枯病、白粉病、赤霉病這三種小麥主要病害均有良好的防治效果。
需要注意的是，在小麥抽穗前不能超量施用三唑酮，否則容易引起小麥抽穗困難。
