凍害出現時小麥正處于拔節期，大部分小麥已拔出2節。一般情況下，小麥第一節間很少受病菌侵染，主要在第二、第三節間顯癥，表現為節間失水、發黑、腐爛，上部葉片發黃。受基腐病危害的小麥，嚴重的整株枯死，不枯死的植株上部葉片發黃，后期不能抽穗。史建榮研究員說，最近他在各地田間調查時還看到，有的植株節間并沒有全部枯死，只是半邊枯死、腐爛，從根部吸收的養分能少量向上輸送，成形的穗子還能抽出；有的植株病節上部已經枯死，從基部節上有新的小分蘗發生。這些小分蘗只要條件適合，同樣可以利用成穗。以前也有過這樣的技術，即在主莖第二節間受凍導致植株第二節間上部死亡后，可以利用基部節上發生的蘗芽生長成穗。想要這些小分蘗成穗，就要求分蘗發生的時間必須在3月底之前，并且主莖已經死亡。如果小分蘗在3月底前產生，但是主莖未死亡，大部分養分會供應主莖，小分蘗得不到充足的養分，成穗的希望不大。如果小分蘗現在才開始發生，或者分蘗較小，沒有剝查到穗子，就沒有成穗的希望。

對小麥基腐病沒有太好的藥劑可以防治，目前是防治小麥蚜蟲、白粉病和赤霉病的關鍵時期，應及時用藥防治，兼防基腐病。對發生新分蘗的植株，應適當補施一些速效性氮肥促進分蘗生長成穗，每畝施尿素10公斤。一般小分蘗穗成熟期會比正常出生的大分蘗穗遲10天左右，但對同時收獲沒有太大影響，只是產量會低一些。