（一）采收
 
　　薏苡種子成熟期不一致，一般早熟品種在7月下旬至8月初收獲；中熟品種在8月下旬至9月下旬；晚熟品種在10月下旬；當種子成熟度達80％時即可收獲。選晴天收獲后放置3-4天用脫粒機進行脫粒，可使未成熟種子成熟，易于脫粒。 
 
（二）留種
 
　　薏苡品種間有早、中、晚熟之分，留種時要選擇植株矮壯，分枝多，抗病力強，結實率高，成熟比較整齊，米質糯性強，產量高的優良品種。 
 
（三）加工
 
　　產地加工，于脫粒后種子放在干凈的曬場上曝曬直至干燥，然后用碾米機碾去外殼和種皮，過篩后即可得到薏仁。加工的方法同碾米工序相同，但要將每次碾下來的殼渣和種仁一起再碾，這樣反復數次，直到去凈外皮和種皮，獲得白凈的種仁時止。然后用細篩篩后揚凈，再用粗篩篩出沒有去掉殼的果實，混入下批果實一起加工。種子含水量為12％左右，出仁率50％左右。
 
　　商品規格：干燥的果仁呈圓球形或橢圓球形，基部較寬而略平，頂端鈍圓，長5-7毫米，寬3-5毫米；表面白色或黃白色，光滑或有不明顯的縱紋，有殘留少數黃褐色的外皮，側面有1條深而寬的縱溝，溝底粗糙，褐色，基部凹入，其中有1棕色小點。質堅硬，破開后內部白色，有粉性、氣微，味淡。以粒大、飽滿、整齊均勻，色白、無破碎、無粉屑、無雜質及無蟲蛀者佳。不分等級、統裝。
 
　　薏苡仁的炮制分生用、砂炒、麩炒3種方法。
 
　　生用：取已去殼的薏苡仁放入清水中淘洗，反復幾次，洗干凈后取出曬干，去殼，篩灰屑后，即可藥用。
 
　　砂炒薏苡仁：取未去殼的薏苡，放入清水中洗凈，去掉污水，換上清水，放入薏苡，浸泡24小時。每隔3-4小時換水1次，透心后取出，放入蒸鍋內蒸至薏苡變明色后搓散，取仁曬干或烘干。再取油砂入鍋炒至燙手，加入薏苡仁炒至全部膨大起來，由明色變白色時，取出，篩去油砂，冷卻即成。
 
　　麩炒薏苡仁：取制麥麩入鍋炒熱后，加入生薏苡仁拌炒，至薏苡仁全部膨大時取出。篩去麩，冷卻即成。炒時每100公斤薏苡仁用制麥麩10公斤。
 
　　薏苡的綜合利用在國內外已廣泛開展起來。在日本，每年進口800多噸，制成普通的麥型茶，甚至種殼也用來泡茶健身。近些年日本等國家用薏苡仁為原料生產的食品很受市場青睞。薏苡粉和小麥粉的摻合性好，可制成面類、糕點類保健食品。薏苡含糖多，也可在釀造制品上發展。薏苡麩皮中脂肪含量高達36％，從中提煉出的油脂可以做藥用或化妝品。目前我國研制出"黑芝麻薏苡粉"和"速溶薏苡仁精"，均具有食療作用。除此以外，有關方面正在試驗將薏苡粉碎加工后飼養蛋雞，可使產蛋量明顯提高。用做豬飼料，使豬生長快，出肉率提高等。 
 
（四）薏苡的貯藏
 
　　本品含蛋白質、淀粉豐富，夏季受潮極易生蟲和發霉。故應貯藏于通風、干燥處。為防止生蟲和生霉要在貯前篩除薏苡仁中粉粒、碎屑，對保管有利。在夏天要進行翻曬1次，借此機會篩除粉粒，易過夏。米粒完整，含水量在8-10％，環境干燥情況下，就不易生蟲發霉。夏天要經常檢查，搬運倒垛要輕拿輕放，防止重壓和撞擊摔打，保持包裝物完整并避免薏苡仁的破碎。少量薏苡仁可密封于缸內或壇中。對已發霉的可用清水洗凈后再曬干，如發現蟲害要及時用硫磺熏殺。