整枝是通過修剪來控制植株生長的一種管理措施。整枝主要用于以果實入藥的木本中藥材，但有的草本中藥材也需要進行整枝。對以樹皮入藥的中藥材，應培養直立粗壯的主干，剪除下部過早的分枝。對以果實、種子入藥的中藥材，可適當控制植株高度，注意調整各級主枝、側枝，促進植株開花結實。對幼齡樹一般宜輕剪，對于有些灌木類，如枸杞、玫瑰等幼樹則宜重剪。對于成年樹多疏刪或短截，以使樹勢健壯和各部分之間的相對平衡，使其每年都能抽生強壯充實的營養枝和結果能力強的結果枝。

    打頂即摘去頂芽。通過破壞植株頂端優勢，抑制主莖生長，促使側芽發育。一些中藥材由于生長慢且植株較稀，去掉頂芽，側枝則很快生長，能提前封行。如附子，適時打頂并不斷除去側芽，可抑制地上部生長，促進地下塊根膨大，提高附子產量。打頂宜早不宜遲，應選晴天進行，以利傷口愈合。摘蕾植物為了繁殖后代，總是把養分優先供給生殖器官。摘除花蕾抵制了生殖生長，轉而促進營養器官的生長。凡是不以種子、果實做藥或不采子的中藥材，如白術、桔梗、人參、黃連、三七等，都可通過摘蕾來提高產量。

    整根只在草本中藥材中采用，如附子、芍藥、柴胡等。除去其過多側根，保證主根生長肥大。