撲草凈為選擇性內吸傳導型除草劑，可從根部吸收，也可從莖葉滲入體內，運輸至綠色葉片內抑制光合作用，中毒雜草失綠逐漸干枯死亡。其選擇性與植物生態和生化反應的差異有關，對剛萌發的雜草防效最好。撲草凈水溶性較低，施藥后可被土壤吸附在0～5厘米表土中，形成藥層，雜草萌發出土時接觸藥劑而受害，持效期20～70天，旱地較水田長，黏土中更長。該藥在有機質含量低的沙質土上不宜使用；稱量應準確，撒施要均勻，可先將稱好的藥劑與少量細土混勻，均勻撒施，否則易產生藥害；適當的土壤水分是發揮藥效的重要因素。