每一種食用自在不同地區常有不同的名稱，有的是同菌異名，如同為一種側耳，在不同地區．就有凍菌、平菇、北風菌、蛇菌、平蘑或平茸等不同名稱，很不統一。有的是同名異菌，如同稱為"冬菇"的，有的地區是指香菇，有的地區卻是指毛柄金錢菌。所以當地通用的俗名；雖然描述性強，通俗易懂，但局限性大，容易混亂，也不便于科技交流。為了統一名稱，國際上一致采用瑞典學者林奈所創造的"雙名法"，作為動植物、微生物包括食用菌的命名方法。用雙名法定出某一種食用菌的名稱，就是某一種食用菌的學名。每一種食用菌的學名，由兩個拉丁詞組成，第一個是屬名，用拉丁文的名詞；第二個是種名，用拉丁文的形容詞。屬名的第一個字母藥用大寫，種名則一律用小寫。完整的學名，末尾還附有命名人姓名的縮寫，命名人的姓，一律用正體字。印刷時學名用斜體字，書寫學名時在下面加一橫線。如雙孢蘑菇的學名Agaricus bisporus(Lange)Sing。其中Agaricus是蘑菇屬屬名，bisporus是種名，表示該蘑菇的擔子梗上長兩個孢子，所以種名叫雙孢蘑菇。括號內的認識最初給這個菌命名的人，而括號后的是修改前人名的人。如果命名的人是兩個，則兩人的名用聯接詞et相連一起列出。幾種人工栽培食用菌的學名如表4。
表4 幾種人工栽培食用菌的名稱 

食用菌在分類學上的地位，也是按生物分類系統上通用的單位，即門、綱、目、科、屬、種。有時還有亞綱、亞目亞科的單位。茲以香菇和銀耳為例說明如下：

  門：真菌門            門：真菌門

  綱：擔子苗綱           綱：擔子菌綱

  亞綱：同隔擔子菌亞綱    亞綱：異隔擔子菌亞綱

  目：傘菌目             目：銀耳目

  科：白蘑科             科：銀耳科

  屬：香菇屬             屬：銀耳屬

  種：香菇               種：銀耳