臍腑果（黑肚臍）果實發育初期著色時，在果頂以柱頭底部為中心，初期發生呈水浸狀暗綠色，以后變成褐色乃至黑褐色病斑，但不腐爛，并向內凹陷。受害果實轉色快，但沒有商品價值。臍腑病發生的直接原因是果實膨大期間，特別是開花后對果實供給鈣素不足所致。土壤過干，地溫過高，氮肥過多及酸性土壤均會使根系對鈣的吸收受阻，都能引起此病的發生。防治措施，多施有機肥，氮、磷、鉀要合理搭配，適當增施鈣素肥料，避免土壤過干或過濕，酸性土壤可用石灰調節（每667平方米100至250千克）。除此以外，在幼果期可用0.5％氯化鈣水溶液噴施葉片及果實，每10天噴一次，連噴2至3次。

    臍裂果（露籽病）果實發育初期，果實果皮無規則形裂開，胎座組織及種子外露。隨著果實的膨大，臍裂部位也增大。臍裂果發生原因，主要是花芽分化期間溫度過低（8℃以下）形成畸形花的花柱頭開裂所造成，但品種間差異很大。防治措施，選擇耐低溫的品種，花芽分化期間防止溫度過低，要求白天溫度在20℃以上，夜間溫度在10℃以上。

    空洞果（空腔果）果皮與果實內部的發育不平衡，果實胚座發育不良與果壁間產生空腔。空間內果膠少，果膠物質不發達，幾乎沒有種子。發生原因，由于高溫使無效花粉增多，無法正常授粉，導致只有果壁發育而胚座發育不良形成無籽西紅柿。使用生長激素方法不當，不顧植株長勢和坐果情況，用生長激素處理未成熟的花或開花坐果期間土壤過于干旱等，造成果實肥大而水分供應受阻，就會增加空洞果的發生。防治措施，施用生長激素濃度要適量，方法要得當，開花期間防止溫度過高或過低，以免授粉受精不正常。及時疏果，加強肥水管理，避免干旱缺水等。