羅漢果主要病蟲害有根結線蟲病、病毒病、炭疽病、芽枯病、黃守瓜、紅蜘蛛、果實蠅、蝽蟓、白蟻等。
　　
    1、根結線蟲病：是由根結線蟲引起的根和塊莖病害，因受害根增生形成根結而得名，群眾也叫它“起泡”。這是我縣羅漢果生產中最主要的病害。
　　
    ⑴ 輪作。
　　
    ⑵ 選用無病苗，組培苗。
　　
    ⑶ 化學防治：本病應以防為主，種植時在種植坑內撒施福氣多等農藥可減輕根結線蟲病。其中，以福氣多效果最好，該藥具有內吸傳導和觸殺雙重功效，殺線蟲效果穩定藥效持久（達4～5個月），每株施藥3～5克。
　　
    ⑷ 曬薯。在羅漢果的生長季節每年曬薯2～3次，方法是：將種薯周圍泥土扒開1/2，讓陽光暴曬種薯，以殺死附在種薯表面的蟲卵，增強抗病能力，或挖開種薯周圍表土，讓種薯和部分根系脫離土壤，減少根結線蟲危害。
　　
    2、病毒病：病原主要是西瓜花葉病毒-2。受害植株的葉片褪綠斑駁、畸形、吃不開泡班、缺刻等；葉肉肥厚粗硬，多發短枝而成束狀，葉片逐漸黃化。受害植株掛果明顯減少，甚至停止生長。
　　
    ⑴ 采用經過脫毒的種苗、組培苗。
　　
    ⑵ 加強肥水管理，提高植株抗病能力。
　　
    ⑶ 定期用蚜虱靈、昆蟲啉等殺蟲劑噴殺傳毒蚜蟲；隔離種植、防止交叉傳染。
　　
    ⑷ 藥劑防治：可選抗毒劑一號，83增抗劑，毒老大，毒消，克毒納斯，抗毒豐等，加葉常青、綠亨必多收等，隔5～7天噴一次。
　　
    3、炭疽病：為害葉片、藤蔓和果實產生枯斑，嚴重時可導致幼苗和枝蔓枯死，采收時，若濕度過大，果實來不及烘烤，會引起爛果。濕度大，病害容易發生。
　　
    ⑴ 加強肥水管理，增施磷鉀肥，增強植株抗病能力。
　　
    ⑵ 藥劉防治：發病初期，根據天氣情況，定期噴施綠亨2號、甲基托布津、大生等，間隔期7～10天。
　　
    4、芽枯病：被害植株嫩葉黃化，頂芽褐變枯死。據廣西農科院植保所黃思良博士初步研究認為，該病與土壤酸化和土壤缺硼有關。
　　
    防治方法：施用硼肥、噴施萎枯潰克有一定的療效。
　　
    5、黃守瓜：黃守瓜是羅漢果苗期危害比較嚴重的一種害蟲，有時可把葉子吃光。可用敵百蟲、高效氯氰菊脂、增效氰戊等。
　　
    6、紅蜘蛛：可用力劈螨、白螨蟲忌、綠亨阿維、控螨壓虱、久仰等交替使用。
　　
    7、果實蠅：危害果實造成爛果、落果。可用阿唑、好幫手等。
　　
    8、蝽蟓：可危害嫩芽、果實等。可用增效氰戊或高效氯氰菊脂加昆蟲啉或蚜虱靈防治，效果較好。
　　
    9、白蟻：：用滅白蟻靈液灌根，或撒施于白蟻進出的地方。
　　
    10、其它地下害蟲可用殲土蟲、大地震、地星等措施。