據了解，銅制劑在水稻上使用不當，容易造成藥害，特別是在水稻抽穗期，剛抽出的穗子很嫩，噴藥后稻粒穎殼上會出現褐斑，揚花期使用還可能造成結實率下降。但不同的銅制劑對作物的安全性有較大差異。

銅制劑有無機銅制劑和有機銅制劑之分。其中無機銅制劑品種較多，有效成分為氫氧化銅的有可殺得、銅大師（86.2%氧化亞銅可濕性粉劑）、冠菌清（57.6%氫氧化銅干粒劑）等；有效成份為堿式硫酸銅的有銅高尚（27.12%堿式硫酸銅懸浮劑）和傳統的波爾多液等。有機銅制劑有龍克菌等。

銅制劑靠釋放出銅離子與真菌體內蛋白質中的-SH、-NH2、-COOH、-OH等基團起作用，導致病菌死亡。銅離子的含量和釋放能力是決定銅制劑殺菌防病效果的主要因素，同時也是決定其對作物安全性高低的重要因素。

在波爾多液中，銅離子呈絡合狀態，噴到作物表面后對作物比較安全，藥劑殘留時間長，當植物體表面有水珠時，藥斑會不斷釋放出銅離子，發揮殺菌作用。但在夏秋季高溫多雨的情況下，尤其是連續降雨時間過長時，使用銅制劑容易發生藥害。在這樣的天氣條件下，葉片和果實上的水珠保持時間很長，而且水珠中可以溶解較多的二氧化碳，促進藥斑中銅離子的釋放，當銅離子濃度超過一定量時，作物即會受到傷害。這種現象，通常被稱為銅制劑的風雨藥害。銅制劑風雨藥害的發生有一定規律。噴灑波爾多液后15-20天內，其他銅制劑在噴霧后10天內，如果遇到連陰雨天氣就很容易發生藥害。相對來說，氫氧化銅制劑銅離子釋放速度較快，更容易對作物產生藥害。有機銅制劑銅離子釋放速度較慢，對作物安全性好些。

是否容易對作物產生藥害，還與銅制劑的藥物顆粒大小有很大關系。藥物顆粒小，噴霧施藥后藥物能更均勻地分布到作物表面，不僅保護效果好，而且由于作物表面單位面積內的藥物成分較少，釋放出的銅離子不足以對作物產生藥害。藥物顆粒大，噴霧施藥后不僅防治效果較差，而且容易對作物產生藥害。據了解，銅高尚的藥物顆粒極小，噴霧施藥后不僅防病效果好，而且即使在水稻等作物抽穗期使用也不容易對作物產生藥害。

銅制劑與其他藥劑混用不當，也容易產生藥害。銅制劑與二硫代氨基甲酸鹽類殺菌劑混用，容易產生藥害。氫氧化銅與春雷霉素的混劑，蘋果、葡萄、大豆和藕等作物的嫩葉對它敏感，施藥時一定要注意濃度，并在下午4點以后噴藥。