引起棉鈴僵硬、腐爛的病害統稱棉鈴病害，主要有疫病、炭疽病、紅腐病、黑果病、紅粉病、曲霉病、灰霉病等。秋季雨水多的年份部分種類的鈴病發生重。

發生規律 棉花結鈴期低溫多雨，特別是8—9月連續陰雨，田間濕度大，郁蔽、通透性差的棉田易發病，大水漫灌、積水會加重病情。害蟲取食造成的棉鈴傷口，有利于病菌侵入。臺風多、蟲害重、傷口多、遲栽晚發、后期偏施氮肥的棉田發病重。

田間診斷 （1）疫病。多發生在中下部果枝的棉鈴上，苞葉下的果面、鈴縫及鈴尖等部位最先發病。先出現淡褐、淡青至青黑色水漬狀病斑，濕度大時病害擴展很快，整個棉鈴變為光亮的青綠至黑褐色病鈴。濕度大時，棉鈴表面可見稀薄白色霜霉狀物，即病菌的孢囊梗和孢子囊。青鈴染病，易腐爛脫落或成為僵鈴。（2）炭疽病。鈴部病斑初為暗紅色小點，逐漸擴大并凹陷，中部變為灰褐色，上附著橘紅色黏性物，病鈴腐爛后形成僵瓣。（3）紅腐病。鈴部病斑形狀不規則，外有紅粉，重病鈴不開裂成為僵瓣。（4）黑果病。主要在鈴尖、鈴殼裂縫及鈴基部發病，病斑初期為墨綠色水漬狀小點，之后迅速擴展，呈黑褐色腐爛狀。病部表面產生粉紅色或粉白色霉層，致密而薄，后發展為全鈴受害，鈴變軟，鈴殼呈棕褐色，僵硬不開裂。鈴殼表面密生突起的小黑點，即病菌分生孢子器。發病后期鈴殼表面布滿煤粉狀物，棉絮腐爛成黑色僵瓣。（5）紅粉病。病鈴布滿粉紅色絨狀物，厚且緊密。濕度大時變為白色絨狀物，進而整個鈴殼表面生長松散的橘紅色絨狀霉層，即病菌分生孢子梗和分生孢子，霉層比紅腐病厚。病鈴不能開裂，形成僵瓣，僵瓣上也長有紅色霉層。（6）曲霉病。只侵染棉鈴。感病初期棉鈴裂縫、蟲孔和傷口處產生水浸狀黃褐色斑，后產生黃綠色或黃褐色粉狀物填滿鈴縫，造成棉鈴不能正常開裂。濕度大時長出黃綠色或黃褐色絨毛狀霉，即病菌分生孢子梗和分生孢子，使棉絮受污染或干腐變質。（7）灰霉病。受害棉鈴表面長有灰色絨毛狀霉層，嚴重時棉鈴干腐。該病通常發生在疫病、炭疽病侵染過的棉鈴上。

防治技術 （1）加強田間管理。合理密植，降低田間濕度。避免過多、過晚施用氮肥，防止棉株貪青徒長。雨后及時開溝排水，中耕松土，去空枝、抹贅芽、打老葉。盡量減少棉鈴損傷，避免病菌侵入。及時清除田間枯枝、落葉、爛鈴等，并集中燒毀，減少菌源。（2）及時防治鈴期害蟲，減少蟲害傷口。（3）發病初期用50%多菌靈可濕性粉劑800～1000倍液，或58%甲霜·錳鋅可濕性粉劑700倍液，或64%錳鋅· 霜靈可濕性粉劑600倍液噴霧，過7～10天再防治一次。注意交替使用不同類型的農藥，延緩病菌抗藥性的產生。