根腐病、菌核病和灰斑病是大豆上的主要病害，應及早采取措施防治。

根腐病 大豆整個生育期均會發病。病初莖基部出現黑褐色病斑，并向上擴散至下部側枝，病莖髓部變褐色，葉柄基部縊縮，葉片下垂。用種子重量0.3％～0.4％的58％甲霜·錳鋅可濕性粉劑或克露72%霜脲·錳鋅可濕性粉劑拌種，能預防根腐病發生。

菌核病 7月下旬開始發病，病初莖稈上出現褐色病斑，以后病斑上著生白色絮狀物和白色顆粒，最后白色顆粒變成黑色，縱剖病莖可見黑色菌核。防治該病，可在發病初期選用50％腐霉利可濕性粉劑或40％菌核凈可濕性粉劑1000倍液，或50％甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液噴霧。

灰斑病 6月上中旬開始發病，7月中旬進入發病盛期，7—8月遇高溫多雨天氣發病重。主要危害葉片，嚴重時葉片上布滿病斑，過早脫落。大豆生長期發病，可以每畝用40％多菌靈可濕性粉劑100克，加水30公斤噴霧防治。大豆播前用種子重量0.3％的70％敵磺鈉可溶性粉劑或50％福美雙可濕性粉劑拌種，能預防灰斑病發生。