甜玉米含糖量高，病蟲害較為嚴重。病害以大、小斑病、紋枯病較為常見，其防治措施除選用抗病品種外，用衛福農藥拌種(300毫升農藥加水拌l00公斤種子)，能夠有效地防治和延緩病害發生。苗期蟲害有螻蛄、粘蟲等，可用1200-l500倍殺蟲雙或1200-1500倍敵百蟲澆灌土壤，或用米樂爾混細沙撒施株間進行防治。生長中后期，玉米螟、粘蟲、蚜蟲為害嚴重，可用B.T乳劑、敵百蟲、殺蟲雙等進行防治，但應注意使用時期及用量，以免對青苞造成農藥污染。

甜玉米主要生長在高溫多雨季節，除草是一項不可忽略的措施。通常利用化學除草劑阿特拉津與拉索進行除草。方法是每畝用40％阿特拉津100克加48％拉索150毫升，使用時對水30公斤—50公斤，手播種后地面噴藥，噴藥時應土壤墑情良好，以保證藥效的發揮。