波爾多液在生產上若配制使用不當，常會使葉片或果實發生藥害：一是由銅離子引起的藥害，葉片自葉尖開始變黑、干枯，并向葉柄方向蔓延，出現壞死斑，甚至穿孔，果實則有銹斑、麻斑；二是由石灰引起的藥害，表現為葉片生長畸形、變厚、粗糙，果皮硬化等癥狀。防止波爾多液藥害的方法如下：

（1）桃、杏等核果類果樹，在生長期內不能使用波爾多液；蘋果多用石灰倍量或多量式波爾多液；葡萄用石灰半量式波爾多液；梨樹、棗樹常用石灰倍量式波爾多液。

（2）配制波爾多液時，要選用質量好的生石灰，硫酸銅要完全溶解，以免沉淀。雨季使用的波爾多液，配制時要適當增加石灰用量。

（3）配制波爾多液時不能使用金屬容器，應用木器或陶器，以免腐蝕容器，降低藥效。可用稀銅濃灰法配制，即用1/10的水化開生石灰，調成濃石灰乳，用9/10的水溶解硫酸銅，配成稀硫酸銅溶液，然后將稀硫酸銅溶液倒入濃石灰乳中，不斷用木棒攪拌均勻而成。

（4）避免在陰濕天氣和露水未干時噴施。

（5）不能與石硫合劑、退菌特等混合使用，噴過石硫合劑的果樹7～10天后才能噴施波爾多液，噴過波爾多液的果樹一個月內避免噴施石硫合劑。另外，與有機磷農藥混施應隨混隨用。