微量元素肥料具有一種或幾種微量元素標明量的肥料。這類肥料中含有一種或幾種對作物生長發育所必需的、但需要量很少的營養元素，包括錳、硼、鋅、鉬、鐵、銅等。市場上主要的品種有：硫酸錳、硼砂（硼酸）、硫酸鋅、鉬酸銨、硫酸亞鐵、硫酸銅及各種微量元素混合的肥料。

微生物肥料由一種或數種有益微生物、培養基質和添加劑培制而成的生物性肥料，通常也叫菌劑或菌肥，包括固氮菌類、磷細菌、鉀細菌、抗生菌類，還有具有加速有機肥堆腐速度、除臭等功能的微生物菌劑。其中固氮菌類包括共生固氮菌，如豆科作物的根瘤固氮菌，自生固氮菌和聯合固氮菌。微生物肥料除含有生物活性的微生物以外，還含有調節植物生長的多種調節劑、氨基酸等。市場上主要的肥料品種有：硅酸鹽菌劑、復合菌劑和復合微生物肥料。

調節劑類用于改善土壤的物理、化學和生物學性質和植物生長機制的物質。主要類型有土壤調理劑、植物生長調節劑類。市場上主要土壤調理劑的品種有：水稻床土調制劑、土壤保水劑。植物生長調節劑的品種有：油菜素內酯、植物生長刺激素以及衍生物等。

氨基酸肥料能夠提供各種氨基酸類營養物質的物料統稱為氨基酸類肥料。目前主要是利用動物毛皮和下腳料經水解后加工而成，也有利用微生物轉化生產氨基酸肥料。市場上氨基酸肥料多為氨基酸和微量元素等復合（絡合）而成的復合氨基酸肥料。

腐植酸肥料富含腐植酸和一定標明量無機養分的肥料。以泥炭（草碳）、褐煤、風化煤、秸稈和木屑等為主要原料，經過化學處理或再摻入無機肥料而制成的。有刺激植物生長、改善土壤性質和提供少量養分作用。主要肥料品種有：腐植酸銨、生化黃腐酸和腐植酸復合肥。

添加劑類（大量元素）指含有用于改善肥料性能物質的肥料，主要包括含有防止或減少肥料吸濕結塊的添加劑和抑制氨態氮揮發、減少氮損失的添加劑及消化抑制劑。含有添加劑的肥料品種主要有：長效碳銨、長效尿素等。