世界上許多國家的食品安全保障體系一般由6個部分組成，即法律法規和標準體系、檢驗檢測體系、認證認可體系、執法監督體系、技術推廣體系和市場信息體系。通過第三方認證機構的認證活動來加強農產品、食品生產和經營企業安全體系的建設已經成為保障食品安全的重要手段，同時也降低了行政成本，分散行政風險。

認證是當前國際通行的農產品和食品質量安全管理手段，其最具有特色且起著重要作用的功能在于：一是有利于推進標準化的貫徹實施，便于規范農產品種養過程及食品加工、銷售等環節，促使農產品及食品的生產者、經營者及相關管理者樹立標準意識和質量意識。二是判定農產品、食品是否符合標準，是由處于公正地位的專業化的認證機構做出的。它以不同于農產品種植、養殖方和食品加工方(即第一方)與批發商、經銷商(即第二方)的第三方身份，對獲得認證的產品持續符合標準和技術規范的要求提供證明，并承擔保障認證結果公正和有效的責任。三是有利于解決當前國際農產品及食品貿易遇到的技術壁壘，通過農產品、食品認證的國際互認，便于我國農產品、食品順利走出國門。四是開展認證適應了政府職能轉變和機構改革形勢，有利于政府從直接實施產品質量安全檢驗檢測等行政審批性質(直接承擔著質量安全的責任)的工作中解脫出來，減少政府的責任和風險，因而對于深化行政管理體制改革，提高政府行政效能，從源頭上預防和治理腐敗，也具有重要意義。

目前，管理農產品、食品質量安全的方式方法有很多。既有政府的農產品及食品的市場準入制度，出口食品法定檢驗檢疫，企業和批發、經銷商的檢驗，還有由認證機構對農產品、食品進行的質量認證。國家正式推出的產品認證形式有：無公害農產品認證、綠色食品認證、有機食品認證和飼料產品認證。此外，國內還存在有各部門的多種產品認證形式：食用農產品安全認證、安全飲品認證、安全食品認證、健康食品認證等。國家已經推出的管理體系認證形式有：基于HACCP的食品質量安全管理體系認證、用于流通領域的綠色市場認證，可應用于農產品和食品領域的質量管理體系ISO9000認證和環境管理體系ISO14000認證等。正在研究和準備的認證形式有：良好農業規范(GAP)認證、ISO22000食品安全管理體系認證、食品零售商采購審核標準(GFSI)認證等。

申請者應根據農業生產條件及自身經濟承受能力，確定產品的消費層次和消費群體，產品實施現有的無公害農產品、綠色食品、有機食品認證制度，即滿足一般消費者對質量安全的基本要求，又適應不同消費層次比較高的要求；農產品生產基地實施良好農業規范(GAP)認證，因為GAP是一套針對初級農產品生產的操作標準，它關注種植、養殖、采收、清洗、包裝、貯藏和運輸過程中的有害物質和有害微生物危害控制；農產品、食品加工企業實施基于HACCP的食品質量安全管理體系認證；流通環節實施食品零售商采購審核標準(GFSI)認證。