在互聯(lián)網(wǎng)上，有很多軟件可以解決分子生物實驗人員從立項到最后寫論文的實際問題。本文提供了對相同作用的很多軟件進行比較后推薦給一線實驗人員使用的Windows軟件。
一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個專題的文章，并寫出對該專題的綜述，以便對自己所要做課題的現(xiàn)狀有一個基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優(yōu)點：可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料，保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時點擊一個鍵就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料，插入引用，并在文章中對引用格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換。也可以作為本地資料管理軟件。
缺點：沒有非常明顯的缺點。
同類參考軟件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、實驗設(shè)計階段。本階段包括限制酶分析、引物設(shè)計、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析、克隆策略圖譜、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。
1、 綜合性軟件。這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備，但這類軟件大多在專項分析上沒有絕對優(yōu)勢。
推薦軟件：Omiga 2.0
優(yōu)點：你所能想到的對核酸蛋白的序列分析功能，它大多具備，而且有很舒適的表達方式。不喜歡裝備各種專業(yè)性強的軟件、而希望用一個綜合性的軟件代替的實驗人員可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。另外，該軟件還提供了多個很有特色的序列分析功能，如有類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
缺點：文件實在太大了。要完全下載所有有關(guān)軟件的話，需近30M，而且每個功能并不十分完美，只能說可以解決問題。而且要掌握并靈活運用并不是簡單的事。
同類參考軟件：Vector NTI Suite 5.5 DNASIS 2.5
2、 限制酶分析。可能是最簡單的功能了，其實我們用普通的文本搜索也能找出相應(yīng)的序列位點。不過，正因為如此，所以我們希望軟件在結(jié)果輸出上有更完美的表現(xiàn)。
推薦軟件：DNAssist 1.0
優(yōu)點：雖然能進行限制酶分析的軟件多如牛毛，但可以說本軟件幾乎是唯一合格的限制酶分析軟件。原因是大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。而這個軟件是唯一能非常簡單地達到這個目的把這個EcoR I位點找出來的軟件。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）、沒有的位點。可以說限制酶分析上該軟件是當之無愧的冠軍。
缺點：顯示結(jié)果是黑白的，不是非常亮麗。而且本軟件在限制酶管理上有一個錯誤（bug）。
同類參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件
3、 引物設(shè)計。由于引物設(shè)計大多在原來的序列上設(shè)計，因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析，參考各種結(jié)果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關(guān)鍵。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優(yōu)點：顧名思義，該軟件就是用來進行引物設(shè)計的。可以簡單地通過手動拖動鼠標找到擴增出相應(yīng)片段所需的引物。在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來，而且進行這些操作非常簡單。
缺點：沒有明顯缺點
同類參考軟件：DNAClub Oligo 5.0
4、 同源序列比較。與限制酶分析相似，由于這類軟件的內(nèi)核大都是相同的。所以其結(jié)果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2
優(yōu)點：用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報告為進化樹的格式。選擇項多，可以達到所需的要求。
缺點：要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類參考軟件：MACAW 2.05 Blast等
5、 質(zhì)粒作圖。與限制酶分析一樣，這也是最常用的功能。很顯然，要求軟件能對已知序列自動作圖，對未知序列但關(guān)鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結(jié)構(gòu)域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優(yōu)點：符合上述對質(zhì)粒作圖的所有要求，而且做出來的圖可以用到下面要講到的克隆策略圖譜中去。
缺點：使用實在太不方便了。
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33 等
6、 結(jié)構(gòu)域（motif）查找。與限制酶的分析相似，這也是一個文本查找的內(nèi)容，關(guān)鍵在于以何種方式顯示查詢結(jié)果。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優(yōu)點：該軟件在結(jié)構(gòu)域查找方面和限制酶查找一樣，結(jié)果以圖形、表格、序列三種方式提供，而且提供了不存在的結(jié)構(gòu)域列表。軟件本身提供了大量的結(jié)構(gòu)域序列。
缺點：對于環(huán)狀的序列也無法解決末端結(jié)構(gòu)域的查找問題（與限制酶分析類似）。
其他參考軟件：沒有很出色的競爭軟件
7、 序列查找下載工具。
推薦軟件：Network Entrez
優(yōu)點：該軟件是一個客戶端程序，需在聯(lián)網(wǎng)時使用，可以查詢核酸、蛋白、基因、三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，將原來分散的不同站點的序列查詢集中在一起。
缺點：對實驗人員來說，還不是能簡單上手的。而且如果不上網(wǎng)的話，還真是一點用處也沒有。軟件作用太專一了。而且所有的功能在相應(yīng)網(wǎng)站上也有。
其他參考軟件：無
8、 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測及分析。這類軟件在windows下用的比較少。而且人們在二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方面也沒有什么明確的模型。因此，對這類軟件只能以參考參考的心態(tài)來使用了，不能報任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
優(yōu)點：軟件真可謂短小精悍，如此小的軟件，竟然能將我們想知道的各種參數(shù)計算出來。與其競爭對手RNAStructure 3.5 相比，功能并沒有少了什么。
缺點：大多數(shù)功能通過右鍵彈出菜單進行，對普通人員不太慣。
參考軟件：RNAStructure 3.5
9、 蛋白二級結(jié)構(gòu)分析。不要指望軟件能給你帶來一個有三維結(jié)構(gòu)的蛋白。所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結(jié)構(gòu)的趨向。結(jié)果還是要靠人本身。
推薦軟件：Antheprot 4.5
優(yōu)缺點：由于沒有競爭對手，難以比較，實在無所謂優(yōu)缺點了。該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，以便于我們對未知結(jié)構(gòu)蛋白的結(jié)構(gòu)做個假想。
參考軟件：沒有
10、 克隆策略圖譜。幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程，各種位點只能大概估計，與核酸的序列之間的關(guān)系當然無從談起。現(xiàn)在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優(yōu)點：可以將載體與目的基因各自進行適當?shù)南拗泼盖泻煤螅B接成新的載體-基因。可以將整個克隆過程用圖示方式表示出來。可以根據(jù)適當?shù)膶φ諛藴剩╩arker）將電泳圖畫出來，而且可以和掃描的實際電泳結(jié)果對照。整個過程相當于模擬一個克隆過程。提供了一個相當詳細的教學文件。更何況如前所述，它還是一個優(yōu)秀的質(zhì)粒作圖軟件。
缺點：要使用它，實在需要重新學習。雖然使用較難，看在有詳細教學文件和功能急需及強大的份上，也是非常值得的。
參考軟件：沒有
11、 三維結(jié)構(gòu)顯示。用各種方法計算出來的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)只有在相關(guān)軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來面目，使得我們對這些分子的結(jié)構(gòu)有一個直觀的體會。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
優(yōu)點：程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
缺點：在擁有強大功能的命令行窗口使用命令時，需記住大量的命令，還要對分子的一級結(jié)構(gòu)有了解，太難了，簡直又進入了DOS時代。
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
說明：三維結(jié)構(gòu)顯示有一個軟件是瀏覽器插件，就是Chime 2.0 ，它與其他三維結(jié)構(gòu)顯示的作用有些不同，需與瀏覽器一起起作用。
12、 格式轉(zhuǎn)換。各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難。可以通過格式轉(zhuǎn)換軟件互相交換數(shù)據(jù)。
推薦軟件：Seqverter 1.3
優(yōu)點：使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多。可在線升級以讀寫更多格式文件。
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1
13、 翻譯。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0 β3
優(yōu)點：可以自動查找ORF并翻譯出蛋白序列，而且可以用實線框?qū)NA序列、蛋白序列、酶切位點等框起來用于文章寫作，可以選擇不同的密碼子。
缺點：操作教難，與競爭對手Primer Premier 4.11相比，只有查找ORF和可以使用實線框的優(yōu)點。而后者操作簡單，而且內(nèi)置很多不同種類的密碼子。
參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件
三、實驗操作階段和分析。本階段由于各實驗室的設(shè)備和方法的不同差異太大，如若用到軟件，請參考機器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1、 電泳條帶定量分析。
推薦軟件：BandScan 4.30
優(yōu)點：通用的電泳膠條帶定量分析軟件。可以手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規(guī)則的，可以清除背景。可以進行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。可以直接使用掃描儀。可以將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。
缺點：沒有明顯的大缺點。
參考軟件：band leader 3.0
2、數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析作圖。可能在某些情況下需要用到這類軟件。由于專業(yè)的統(tǒng)計軟件也很多，比較出色。我們只推薦一個比較適合生物的軟件GraphPad Prism 3.0
四、文章寫作和發(fā)表。本階段主要是對所獲得的結(jié)果進行整理，并發(fā)表在合適的期刊雜志
1、文獻引用。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優(yōu)點：可以自動將文章中的各種文獻引用按不同期刊的要求排列，在期刊間轉(zhuǎn)換只需幾秒鐘。寫文章時會在word中將查找到相應(yīng)的文獻列出，方便寫作。
參考軟件：EndNote 3.1.2
2、 生成發(fā)表質(zhì)量的圖片。發(fā)表時，對用到的分子結(jié)構(gòu)的圖片質(zhì)量要求較高，直接從RasMol等軟件中截取的圖片質(zhì)量不夠精美。
推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1
優(yōu)點：軟件相當于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達1280*1024。圖象質(zhì)量相當精美。
缺點：難以使用。而且用的是自己的格式。好在有一個叫povchem的輔助軟件可以將最常見的pdb格式文件轉(zhuǎn)為pov格式。
參考軟件：molmol 2.5.1 mole 1.1.8
3、 序列遞交。要是結(jié)果中有新的序列需要遞交到各大數(shù)據(jù)庫中，格式必須符合各數(shù)據(jù)庫的要求。除了下面推薦的軟件外，也可以通過寫好一種格式后，用格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換為其他種類格式，以向不同的數(shù)據(jù)庫遞交序列。
推薦軟件：Sequin 2.90
優(yōu)點：向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫遞交序列。可以不用仔細考慮各數(shù)據(jù)庫文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關(guān)資料填好。可以在線直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以email形式發(fā)送。
缺點：一步一步填表的方式對新手固然好，但沒有高級使用的方式，可能用的多的人會覺得太死板。
參考軟件：無
五、我究竟要裝哪些軟件？
很顯然，對于各個不同的人，安裝使用全部軟件是不太現(xiàn)實的。
1、 對于普通實驗人員，建議的軟件組合是：Reference Manager 9.0 Omiga 2.0 這已經(jīng)是最低要求了。如果以前使用過EndNote 和/或DNASIS，已經(jīng)順手不想改變的話，當然也可以用他們來代替相應(yīng)的軟件。
2、 如果你的實驗分析和設(shè)計需要上述各種專項功能的話，再加上相應(yīng)功能的推薦軟件。
3、 作者建議一般人員安裝的軟件除Reference Manager 9.0和Omiga 2.0外，最好也裝下列軟件：Gene Construction Kit 2.0; RasMol 2.7.1; Primer Premier 4.1; DNAssist 1.0。這些軟件能夠基本滿足對DNA進行操作的實驗人員的需求。
六、我怎么獲得這些軟件？
既然已經(jīng)知道軟件的名稱，當然用搜索引擎去查找，然后從各軟件的網(wǎng)站獲得最新版本的軟件。而且每個網(wǎng)站有自己軟件的詳細介紹。
七、使用中遇到問題怎么辦？
要是該軟件提供售后服務(wù)的話，找軟件出品公司。
沒有公司的售后服務(wù)也不要緊，可以找自己單位的高手或張貼在BBS上。
要是再不行，就加入郵件討論列表，或是寫信問可能可以回答的人。
下面是未修改過的文章
在互聯(lián)網(wǎng)上，有很多軟件可以解決分子生物實驗人員從立項到最后寫論文的實際問題。本文提供了對相同作用的很多軟件進行比較后推薦給一線實驗人員使用的軟件.
一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個專題的文章,并寫出對該專題的綜述,以便對自己所要做的課題的現(xiàn)狀有一個基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優(yōu)點：可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時點擊一個鍵就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料，插入引用，并在文章中對引用格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換。
缺點：沒有非常明顯的缺點。
同類參考軟件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、實驗設(shè)計階段。本階段包括限制酶分析、引物設(shè)計、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析、克隆策略圖譜、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。
1、 綜合性軟件。這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備，但這類軟件大多在專項分析上沒有絕對優(yōu)勢。
推薦軟件：Omiga 2.0
優(yōu)點：你所能想到的大部分對核酸蛋白的序列分析功能，它大多具備。而且有很舒適的表達方式。不喜歡裝備各種專業(yè)性強的軟件，而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
缺點：文件實在太大了。要完全下載所有有關(guān)軟件的話，需近30M，而且每個功能并不十分完美，只能說可以解決問題。
同類參考軟件：DNASIS 2.5 DNATools 5.1
2、 限制酶分析。可能是最簡單的功能了，其實我們用普通的文本搜索也能找出相應(yīng)的序列位點。不過，正因為如此，所以我們希望軟件在結(jié)果輸出上有更完美的表現(xiàn)。
推薦軟件：DNAssist 1.0
優(yōu)點：雖然能進行限制酶分析的軟件多如牛毛，但可以說本軟件幾乎是唯一合格的限制酶分析軟件。原因是大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。而這個軟件是唯一能非常簡單地達到這個目的把這個EcoR I位點找出來的軟件。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）、沒有的位點。可以說限制酶分析上該軟件是當之無愧的冠軍。
缺點：顯示結(jié)果是黑白的，不是非常亮麗。
同類參考軟件：Primer Premier 4.1 其他多種軟件
3、 引物設(shè)計。由于引物設(shè)計大多在原來的序列上設(shè)計，因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析，參考各種結(jié)果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關(guān)鍵。
推薦軟件：Primer Premier 4.1
優(yōu)點：顧名思義，該軟件就是用來進行引物設(shè)計的。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進行這些操作非常簡單。
缺點：沒有明顯缺點
同類參考軟件：DNAClub、 Oligo 5.0
4、 同源序列比較。與限制酶分析相似，由于這類軟件的內(nèi)核大都是相同的。所以其結(jié)果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2
優(yōu)點：用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報告為進化樹的格式。選擇項多，可以達到所需的要求。
缺點：要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類參考軟件：MACAW 2.05 Clustal W Blast等
5、 質(zhì)粒作圖。與限制酶分析一樣，這也是最常用的功能。很顯然，要求軟件對已知序列自動作圖，對未知序列但關(guān)鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結(jié)構(gòu)域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
優(yōu)點：符合上述對質(zhì)粒作圖的所有要求，而且做出來的圖可以用到下面要講到的克隆策略圖譜中去。
缺點：使用實在太不方便了。
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33 等
6、 結(jié)構(gòu)域（motif）查找。與限制酶的分析相似，這也是一個文本查找的內(nèi)容，關(guān)鍵在于以何種方式顯示查詢結(jié)果。
推薦軟件：Primer Premier 4.1
優(yōu)點：該軟件在結(jié)構(gòu)域查找和限制酶查找一樣，結(jié)果以圖形、表格、序列三種方式提供，而且提供了不存在的的結(jié)構(gòu)域的列表。軟件本身提供了大量的結(jié)構(gòu)域序列。
缺點：對于環(huán)狀的序列好象也無法解決末端結(jié)構(gòu)域的查找問題（與限制酶分析類似）。 其他參考軟件：沒有很出色的競爭軟件
7、 序列查找下載工具。
推薦軟件：Network Entrez
優(yōu)點：該軟件是一個客戶端程序，需在聯(lián)網(wǎng)時使用，可以查詢核酸、蛋白、基因、三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。雖然現(xiàn)在大家可以直接到相應(yīng)的網(wǎng)址查詢序列，但有一個將各分散的不同站點序列查詢集合在一起的軟件是否更適合你呢？
缺點：對實驗人員來說，還不是能簡單上手的。而且如果不上網(wǎng)的話，還真是一點用處也沒有。軟件作用太專一了。
其他參考軟件：無
8、 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測及分析。一旦碰到二級結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測的時候，好象各個軟件都事先約好似的，只能在mac和unix下使用，在windows下用的實在太少了。而且似乎人們在二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方面也沒有什么明確的模型。因此，對這類軟件只能以參考參考的心態(tài)來使用了，不能報任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
優(yōu)點：軟件真可謂短小精悍，如此小的軟件，竟然能將我們想知道的各種參數(shù)計算出來。與其競爭對手RNAStructure 3.5 相比，功能并沒有少了什么。
缺點：大多數(shù)功能通過右鍵彈出菜單進行，對普通人員不太慣。
參考軟件：RNAStructure 3.5
9、 蛋白二級結(jié)構(gòu)分析。不要指望軟件能給你帶來一個有三維結(jié)構(gòu)的蛋白（不然，做NMR，X射線衍射的人不都失業(yè)了）。所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結(jié)構(gòu)的趨向。結(jié)果還是要靠人本身。
推薦軟件：Antheprot 4.5
優(yōu)缺點：由于沒有競爭對手，難以比較，實在無所謂優(yōu)缺點了。該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，以便于我們對未知結(jié)構(gòu)蛋白的結(jié)構(gòu)做個假想。
參考軟件：沒有
10、 克隆策略圖譜。幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程，各種位點只能大概估計，與核酸的序列之間的關(guān)系當然無從談起。現(xiàn)在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
優(yōu)點：可以將載體與目的基因各自進行適當?shù)南拗泼盖泻煤螅B接成新的載體-基因。可以將整個克隆過程用圖示方式表示出來。可以根據(jù)適當?shù)膍arker將電泳圖畫出來（而且可以和掃描的實際結(jié)果對照）。整個過程相當于模擬一個克隆過程，還沒開始做實驗，就大致知道實驗的結(jié)果了。提供了一個相當詳細的教學文件。更何況如前所述，它還是一個優(yōu)秀的質(zhì)粒作圖軟件。
缺點：要使用它，實在需要重新學習。雖然使用較難，看在有詳細教學文件和功能急需及強大的份上，也是非常值得的。
參考軟件：沒有
11、 三維結(jié)構(gòu)顯示。用各種方法計算出來的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)只有在相關(guān)軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來面目，使得我們對這些分子的結(jié)構(gòu)有一個直觀的體會。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
優(yōu)點：程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
缺點：在擁有強大功能的命令行窗口使用命令時，需記住大量的命令，還要對分子的一級結(jié)構(gòu)有了解，太難了，簡直又進入了DOS時代。
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
說明：三維結(jié)構(gòu)顯示有一個軟件是瀏覽器插件，就是Chime 2.0 ，它與其他三維結(jié)構(gòu)顯示的作用有些不同，需與瀏覽器一起起作用。
12、 格式轉(zhuǎn)換。各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難。好在我們有格式轉(zhuǎn)換軟件。
推薦軟件：Seqverter 1.3
優(yōu)點：使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多。可在線升級以讀寫更多格式文件。
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1
三、實驗操作階段和分析。本階段由于各實驗室的設(shè)備和方法的不同差異太大，如若用到軟件，請參考機器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1、 電泳條帶定量分析。
推薦軟件：無
實在沒有什么通用的電泳膠條帶定量分析軟件符合我們的要求。我們希望軟件能自動手動找到條帶、進行定量分析。甚至在手動指定條帶的情況下，可以自動讀出測序膠的序列。很遺憾，即使是比較大型的讀膠系統(tǒng)也不能完成滿意的定量分析。
參考軟件：band leader 3.0
2、數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析作圖。可能在某些情況下需要用到這類軟件。由于專業(yè)的統(tǒng)計軟件也很多，比較出色。我們只推薦一個比較適合生物的軟件GraphPad Prism 3.0
四、文章寫作和發(fā)表。本階段主要是對所獲得的結(jié)果整理，并發(fā)表在合適的地方。
1、 文獻引用。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優(yōu)點：可以自動將文章中的各種文獻引用按不同期刊的要求排列，在期刊間轉(zhuǎn)換只需幾秒鐘。寫文章時會在word中將查找到相應(yīng)的文獻列出，方便寫作。
參考軟件：EndNote 3.1.2
2、 生成出版質(zhì)量的圖片。發(fā)表時，對用到的分子結(jié)構(gòu)的圖片質(zhì)量要求較高，直接從RasMol等軟件中截取的圖片質(zhì)量不夠精美。
推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1
優(yōu)點：軟件相當于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達1280*1024。圖象質(zhì)量相當精美。
缺點：難以使用。而且用的是自己的格式。好在有一個叫povchem的輔助軟件可以將最常見的pdb格式文件轉(zhuǎn)為pov格式。
參考軟件：molmol 2.5.1 mole 1.1.8
3、 序列遞交。要是結(jié)果中有新的序列需要遞交到各大數(shù)據(jù)庫中必須符合各數(shù)據(jù)庫的要求。除了下面推薦的軟件外，也可以通過寫好一種格式后，用格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換為其他種類格式，以向不同的數(shù)據(jù)庫遞交序列。
推薦軟件：Sequin 2.90
優(yōu)點：向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫遞交序列。可以不用仔細考慮各數(shù)據(jù)庫文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關(guān)資料填好。可以在線直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以email形式發(fā)送。
缺點：一步一步填表的方式對新手固然好，但沒有高級使用的方式，可能用的多的人會覺得太死板。好在也沒有人經(jīng)常遞交序列的。
參考軟件：無
五、我究竟要裝哪些軟件？
很顯然，對于各個不同的人，安裝使用全部軟件是不太現(xiàn)實的。
1、 對于普通實驗人員，建議的軟件組合是：Refenence Manager 9.0 Omiga 2.0 這已經(jīng)是最低要求了。如果以前使用過EndNote和/或DNASIS，已經(jīng)順手不想改變的話，當然也可以用他們來代替相應(yīng)的軟件。
2、 如果你的實驗分析和設(shè)計需要上述各種專項功能的話，再加上相應(yīng)功能的推薦軟件。
3、 作者建議一般人員安裝的軟件除Reference Manager 9.0和Omiga 2.0外，最好也裝下列軟件：Gene Construction Kit 2.0; RasMol 2.7.1; Primer Premier 4.1; DNAssist 1.0。這些軟件能夠基本滿足對DNA進行操作的實驗人員的需求。
六、我怎么獲得這些軟件？ 既然連軟件的名稱都知道了，還不知道如何從網(wǎng)絡(luò)獲得？當然用搜索引擎去查找，然后從各軟件的網(wǎng)站獲得最新版本的軟件。而且每個網(wǎng)站有自己軟件的詳細介紹。
七、使用中遇到問題怎么辦？
要是該軟件提供售后服務(wù)的話，當然找軟件出品公司。
沒有公司的售后服務(wù)也不要緊，自己單位不是有高手和BBS嗎？
要是再不行，就加入郵件討論列表，或是寫信問可能可以回答的人。