在功能基因組研究中，需要對特定基因進行功能喪失或降低突變，以確定其功能。由于RNAi具有高度的序列專一性，可以特異地使特定基因沉默，獲得功能喪失或降低突變，因此RNAi可以作為一種強有力的研究工具，用于功能基因組的研究。將功能未知的基因的編碼區（外顯子）或啟動子區，以反向重復的方式由同一啟動子控制表達。這樣在轉基因個體內轉錄出的RNA可形成dsRNA，產生RNA干涉，使目的基因沉默，從而進一步研究目的基因的功能，這種技術即為RNAi技術。根據所選用序列的不同，可將其分為編碼區RNAi和啟動子區RNAi技術。

1． 編碼區RNAi技術

自1998年在線蟲中發現RNAi現象以來，以基因編碼區為靶序列的編碼區RNAi技術已用于線蟲功能基因組的研究。最初這種技術是通過注射或浸泡等方法直接導入到線蟲的性腺或早期胚胎中。這些方法雖然可以關閉目的基因的表達，產生突變表型，但這種表型變化卻不能遺傳。這種早期的RNAi技術可以用于研究與胚胎發育有關的基因的功能，但由于細胞分裂造成dsRNA的稀釋，使得這種方法在研究成體的基因功能時有一定的局限性。為彌補早期RNAi技術的上述不足，Tavernarakis等對RNAi技術進行了改進，將目的基因的靶序列以反向重復的方式，由熱激啟動子控制在轉基因生物中表達。熱激處理后，反向重復序列在細胞內開始轉錄，其產物會形成具發夾環結構的dsRNA，從而產生RNAi，使目的基因沉默。這種改進的RNAi技術與傳統的RNAi技術相比，具有明顯的優點：首先轉基因可以遺傳給后代，有利于突變的分析；其次dsRNA可以被誘導產生，RNAi能夠在發育特定階段出現，從而使研究發育早期必需基因在發育晚期的功能成為可能；另外，當用細胞特異性啟動子控制dsRNA的表達時，可以研究特定基因在不同器官中的功能。Kennerdell J. R.和CarthewR. W.用GAL4/UAS系統控制dsRNA在果蠅中的表達，實現了誘導性或細胞特異性控制RNAi的發生。

隨著應用RNAi技術研究線蟲功能基因組工作的開展，研究人員對該技術在植物中應用的可能性進行了探索。加州理工大學的Chuang C. F.和Megerowitz E. M.使用此技術研究了擬南芥的AG, CLV3, AP1, PAN四個開花相關基因。結果表明使用RNAi技術可以產生功能喪失或降低突變體，其表型與以前通過其它方法鑒定的突變體類似。RNA原位雜交表明，RNAi突變體的目的mRNA顯著降低。該結果說明RNAi技術亦可以成為植物功能基因組研究中的有力工具。

2． 啟動子區RNAi技術

M.F.Mett等證明含有啟動子區的dsRNA在植物體內同樣被切割成21-23核苷酸長的片段，這種dsRNA可使內源相應的DNA序列甲基化，從而使啟動子失去功能，使其下游基因沉默。由于多基因家族的各成員之間高度同源，因而使用編碼區RNAi技術很難將各個成員區分開來研究，而多基因家族內的啟動子序列通常比編碼區變化大，采用啟動子區RNAi技術有望將多基因家族的各個成員區分開來研究。這樣綜合編碼區RNAi技術和啟動子區RNAi技術的信息即可更全面地了解多基因家族地各成員的功能。 RNAi現象存在的廣泛性遠遠超過人們的預期，對此問題的深入研究結果將為進化的觀點提供有力佐證。而與其它幾種進行功能喪失或降低突變的技術相比，RNAi技術具有明顯的優點，它比反義RNA技術和同源共抑制更有效，更容易產生功能喪失或降低突變。而且通過與細胞特異性啟動子及可誘導系統結合使用，可以在發育的不同時期或不同器官中有選擇地進行，與T-DNA技術造成的功能永久性缺失相比，這是更受科學家偏愛的。我堅信，由于科學家們的努力工作，一個嶄新的RNA時代呼之欲出。